Archive for April, 2010

Kolokium Ajeng

Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan  Arif Wibowo. 2009.  Karakterisasi Genom Mitokondria Gen 12SrRNA – COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan Tanggal 17 Desember 2009. Departemen Biologi FMIPA IPB.

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Ikan belida tergolong dalam Famili Notopteridae, genus Chitala dengan daerah persebaran meliputi India, Pakistan, Bangladesh, Srilanka, Nepal, Thailand dan Indonesia (Jawa, Sumatera dan Kalimantan).

Ikan belida memiliki nilai ekonomi yang tinggi karena dagingnya yang enak dan pola sisiknya yang unik sehingga dimanfaatkan untuk konsumsi ataupun ikan hias, bahkan di Sumatera Selatan digunakan sebagai maskot dan pembuatan makanan khas lokal (Madang 1999). Secara umum populasi Chitala sp. di seluruh dunia terus menurun khususnya di Sumatra Selatan penurunan populasi terutama diakibatkan kerusakan habitat dan penangkapan langsung dari alam. Oleh karena itu, Conservation Assessment and Management Plan (CAMP) mengkategorikan Chitala sp. sebagai spesies langka (Sarkar et al. 2008). Pemerintah juga mengeluarkan SK Mentan No.716/Kpts/UM/ 10/1980 dan PP 7/1999 yang menyatakan bahwa semua jenis ikan dari genus Notopterus merupakan ikan yang dilindungi. Salah satu upaya untuk melestarikan ikan belida ialah dengan mengumpulkan informasi sebanyak-banyaknya baik informasi morfologi maupun genetik. Informasi genetik antara lain didapatkan dengan melakukan karakterisasi genom mitokondria sebagai dasar aplikasi lanjutan yang terkait dengan populasi belida.

Genom mitokondria hewan merupakan genom sitoplasmik yang diwariskan secara maternal, dan tidak mengalami rekombinasi. Dengan begitu, keragaman yang ditemukan pada genom mitokondria disebabkan oleh kejadian mutasi. Genom mitokondria terdiri  atas 2  gen penyandi  rRNA, 22  tRNA, dan 13 protein yang terlibat dalam rangkaian rantai  respirasi selular, dan satu ruas yang berfungsi sebagai pengontrol transkripsi yang dikenal sebagai dloop. Pada saat ini, genom mitokondria sangat populer dijadikan sebagai penanda molekular untuk mempelajari berbagai fenomena populasi hewan, baik analisis intraspesies maupun interspesies.

Tujuan

Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi runutan nukleotida genom mitokondria gen 12SrRNA-COIII pada ikan belida batik anggota Famili Notopteridae.

Waktu dan Tempat

Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di Laboratorium Zoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB.

BAHAN DAN METODE

Alat dan Bahan

Alat-alat yang akan digunakan ialah Thermocycler TaKaRa MP4, Genomic DNA mini kit for fresh blood (Geneaid), PCR kit, dan beberapa labware.

Metode

Ekstraksi dan Isolasi DNA. Isolasi DNA akan dilakukan menggunakan Genomic DNA mini kit for blood (Geneaid) yang dimodifikasi. Sel-sel darah ikan belida yang disimpan dalam alkohol 70% dicuci dengan air destilata dua kali kemudian disuspensukan dalam bufer STE (NaCl 1M, Tris-HCL 10mM, EDTA 0.1mM, pH 8) hingga volume 350µl. Sel sel darah dilisis dengan SDS 1% dan proteinase K 0.125 mg/ml pada suhu 55oC selama 1 jam sambil dikocok pelan. Metode ekstraksi DNA selanjutnya mengikuti petunjuk Genomic DNA mini kit for fresh blood(Geneaid).

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi genom mitokondria akan menggunakan primer yang didesain menggunakan Primer 3 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/). Primer  akan dilekatkan ke bagian yang paling conserved dari hasil pensejajaran genom mitokondria dari 7 spesies anggota Notopteridae yang ada di GeneBank (www.ncbi.nlm.nih.gov) (Tabel), pada ruas antara gen 12SrRNA sampai ke COIII dengan opsi: product size: 7000-9000, primer size: min 20 – opt 24 – max 27, Tm: min 56 – opt 60 – max 63, GC content: min 33% – opt 48% –max 55%. Reaksi PCR akan dilakukan dengan volume 25 µl yang komposisi pereaksi dan kondisinya akan dioptimasikan. Komposisi perteaksi yang akan dioptimasikan adalah konsentrasi MgCl2 dan dNTP, sedangkan kondisi PCR yang akan dioptimasikan adalah suhu annealing.  Produk PCR akan diuji menggunakan PAGE 6% dalam bufer 1x TBE  (10 Mm Tris-HCL, 1 M asam borat, dan EDTA 0.1 Mm) yang dijalankan pada kondisi 180 Mv selama 40 menit. Selanjutnya DNA akan diwarnai dengan pewarnaan sensitif perak.

Tabel Tujuh spesies anggota Notopteridae di GenBank

No.No. AksesSpesiesNo.No. AksesSpesies
1AP008921Chitala blanci5AP008925Notopterus notopterus
2AP008922Chitala lopis6AP008926Papyrocranus congoensis
3AP008923Chitala ornata7AP008927Xenomystus nigri
4AP008924Notopterus notopterus

 

Perunutan Produk PCR. Produk  PCR berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desain primer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Tahap pertama PCR for sequencing akan menggunakan primer yang sama dengan sewaktu amplifikasi awal. Runutan DNA yang diperoleh, kemudian dijadikan input untuk mendesain primer berikutnya (primer walking). 

Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA akan dilakukan menggunakan MEGA 4 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) (Kumar et al. 2008) dan dibandingkan dengan hasil  pensejajaran  runutan nukleotida dari tujuh spesies anggota Notopteridae.

Rencana Kegiatan Penelitian

KegiatanBulan ke-
123456
Ekstraksi dan isolasi DNA
Optimasi PCR
DNA Sequencing
Analisis DNA sequencing
Penyusunan Skripsi
Seminar

 

 

 

 

 

DAFTAR PUSTAKA

Inoue JG, Kumazawa Y, Miya M ,Nishida M. 2009. The historical biogeography of the freshwater knifefishes using mitogenomic approaches: A Mesozoic origin of the Asian notopterids (Actinopterygii: Osteoglossomorpha). Molecular Phylogenetics and Evolution 51 (2009) 486–499.

Kumar S, Dudley J, Nei M & Tamura K (2008) MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. Briefings in Bioinformatics 9: 299-306.

Madang K . 1999. Morfologi Habitat dan Keragaman Genetik Kerabat Ikan Belida Di Perairan Sumatera Selatan. Disertasi. Program Pasca Sarjana Institut Pertanian Bogor.

Ratnayani K, Wirajana IN, Laksmiwat AAIAM. 2007. Analisis Variasi Daerah D-Loop DNA Mitokondria pada Satu Individu  Suku Bali Normal. Jurnal Kimia 1(1), Januari 2007 : 7-14.

Sarkar UK, Negi RS, Deepak PK, LakraWS, Paul SK. 2008. Biological parameters of the endangered fish Chitala chitala (Osteoglossiformes: Notopteridae) from some Indian rivers. Fisheries Research 90 (2008) 170–177.

Optimization WordPress Plugins & Solutions by W3 EDGE

Page optimized by WP Minify WordPress Plugin