Analisis Keragaman Genetik Labi-labi (Amyda cartilaginea)

Nama : Evi Rizky Amelia    G34101008
Pembimbing : Achmad Farajallah RR Dyah Perwitasari
Tanggal Lulus : 26-Sep-05
Judul Skripsi : Analisis Keragaman Genetik Labi-labi (Amyda cartilaginea) Berdasarkan Genom Mitokondria
    Genetic Diversity of soft-shelled turtle (Amyda cartilaginea)
Abstrak:
Amyda cartilaginea termasuk ke dalam Ordo Testudinata, Subordo Cryptodira dan Famili Trionychidae. Amyda cartilaginea dilaporkan telah mengalami penurunan populasi yang diakibatkan oleh pengaruh manusia dan lingkungan. Oleh sebab itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui keragaman genetik spesies tersebut dengan menggunakan penanda DNA melalui pendekatan teknik Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphisms (PCR-RFLP). Teknik tersebut dilakukan untuk mengetahui keragaman genetik  mtDNA dengan menggunakan sepasang primer 577 dan 578. Daerah yang diamplifikasi ialah daerah pengontrol yang diapit oleh gen tRNA Pro dan tRNA Phe berdasarkan runutan acuan Dogania subplana. Produk amplifikasi yang dihasilkan sebesar 500 pasang  basa dan 710 pasang basa. Produk tersebut dipotong dengan menggunakan lima macam enzim restriksi yaitu, HhaI (GCG↓C), HaeIII(GG↓CC), AluI (AG↓CT), MboI (↓GATC), dan DraI (TTT↓AAA). Dari 39 sampel yang dianalisis ditemukan 12 haplotipe. Haplotipe 2 menyebar pada beberapa wilayah sedangkan  haplotipe lain menyebar pada sampel dengan wilayah tertentu saja. Dari 12 haplotipe diperoleh keragaman nukleotida total A. cartilaginea sebesar 5.4%.
Abstract:
Amyda cartilaginea belongs to the Order Testudinata, Suborder Cryptodira and Family Trionychidae. Recently, the population of A. cartilaginea has been decreasing because of human exploitation and environmental destruction. Therefore, it is important to carry on the research in genetic diversity among this spesies. The research was conducted using the mitochondrial DNA marker by Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphisms (PCR–RFLP) technique. PCR technique was conducted to observe genetic diversity of mtDNA using a pair of primer 577 and 578. The amplified region was control region which flanked tRNA Pro and tRNA Phe based on reference sequence of Dogania subplana. The amplification resulted in the product of 500 base pairs and 710 base pairs. The PCR product was then cut by restriction endonuclease, namely HhaI (GCG↓C), HaeIII(GG↓CC), AluI (AG↓CT), MboI (↓GATC) and DraI (TTT↓AAA). Twelve haplotypes was found among 39 samples.. Haplotype 2 showed wide distribution compared to other haplotypes. Nucleotide diversity among haplotypes is 5.4 %.

[ Skripsi Lengkap – fulltext ]

No Comment

Comments are closed.