Genetic variation of Asian leaf turtle (Cyclemys dentata)

Nama : Neti Indrasari (G04497033)
Pembimbing : RR Dyah Perwitasari
    Achmad Farajallah
Tanggal Lulus : 4 Nopember 2002
Judul Skripsi : Genetic variation of Asian leaf turtle (Cyclemys dentata) inferred from mtDNA PCR-RFLP analysis
Abstrak:  
Cyclemys dentata termasuk ke dalam ordo Testudines, famili Emydidae dan subfamili Batagurinae. Populasi C. dentata saat ini mengalami penurunan yang diakibatkan oleh pengaruh manusia dan perubahan lingkungan. Oleh sebab itu perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui keragaman genetik spesies tersebut dengan menggunakan penanda DNA melalui pendekatan teknik PCR-RFLP (polymerase chain reaction – restriction fragment length polymorphism). Keragaman genetik DNA mitokondria (mtDNA) dapat diketahui melalui amplifikasi DNA secara in vitro. Daerah yang diamplifikasi ialah bagian akhir Cyt b sampai bagian akhir domain tengah daerah kontrol mtDNA. Produk amplifikasi yang dihasilkan sebesar 850 pasangan basa. Produk tersebut dipotong dengan menggunakan enzim restriksi, yaitu AluI, HaeIII, MboI dan MspI. Polimorfisme situs restriksi memperlihatkan delapan haplotipe. Keragaman nukleotida untuk keseluruhan haplotipe sebesar 10.6%. Haplotipe 1 menyebar pada seluruh sampel yang dianalisis, sedangkan haplotipe yang lain menyebar pada sampel dengan wilayah tertentu saja. Pita DNA yang dihasilkan masih dapat dilihat melalui proses pewarnaan perak di atas gel poliakrilamid dengan menggunakan air destilasi.  
Abstract:  
Cyclemys dentata belongs to order Testudines, family Emydidae and subfamily Batagurinae. Recently, the population of  C. dentata has been decreasing because of human exploitation and environmental destruction. In order that, it is important to carry on the research in genetic diversity among this species. The research can be conducted using the mitochondrial marker by PCR-RFLP (polymerase chain reaction – restriction fragment length polymorphism) technique. The genetic diversity of mtDNA of C. dentata can be observed by in vitro. The amplified region was the end part of Cyt b until the last part of central domain of control region of mtDNA. The size of amplification product is 850 base pairs. The PCR product was then cut by five restriction endonucleases, that are AluI, HaeIII, MboI and MspI. The restriction site polymorphism were characterized ionti eight haplotypes. The nucleotide diversity among these haplotypes is 10.6%. Haplotype 1 showed wide distribution in Indonesia compared to other haplotypes. The DNA bands on polyacrylamide gel still show a clear band using distilled water instead deionized water.  

[ Skripsi Lengkap – fulltext ]

No Comment

Comments are closed.