Kolokium Yanti Ariyanti G34080045

Judul Kolokium:

Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat (Anguilla: Anguillidae) dalam Kumpulan Larva ikan di Muara Sungai Kedurang Bengkulu, Menggunakan DNA  Barcode.

Yanti Ariyanti, Achmad Farajallah, Dyah Perwitasari.

Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan IPA, Institut Pertanian Bogor. 19 Januari 2012.

 

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Perairan laut Indonesia diduga merupakan tempat asal usul beragam spesies ikan sidat (Anguilla spp.) yang tersebar di seluruh dunia. Diantara 18 spesies sidat yang sudah dikenal di dunia, sembilan diantaranya berada di Indonesia bahkan dua diataranya berstatus endemik, yaitu Anguilla borneensis dan Anguilla celebesensis. Ikan sidat termasuk ordo Anguiliformes dan famili Anguillidae yang terdiri dari hanya satu genus yaitu Anguilla. Ciri pembeda genus Anguilla fase dewasa dari genus lain adalah letak sirip anal dan awal sirip punggung agak jauh dari kepala, sirip punggung dan anal memanjang menjadi satu dengan sirip ekor, tutup insang dekat ke bagian dada, serta pola melanofore yang spesifik (Tesch 1977).

Ikan sidat bersifat katadromous. Pemijahannya selalu dilakukan di laut dalam kemudian tumbuh dewasa di perairan tawar, mulai dari muara sampai ke hulu sungai (Aoyama 2009). Dalam siklus hidupnya, tahapan perkembangan larva sidat yang disebut leptochepalus berlangsung relatif panjang di laut. Leptochepalus adalah larva sidat dengan bentuk menyerupai daun willow transparan yang merupakan bentuk khas larva dari ikan elepomorph (Inoue et al. 2004). Setiba di pantai, larva sidat mengalami perkembangan menjadi juvenil (glass eel) dengan bentuk menyerupai pipa (anguilik) dan transparan (Tsukamoto 1994). Juvenil sidat kemudian terbawa arus pasang menuju muara sungai dan akan hidup beberapa hari di muara untuk mengadaptasikan diri terhadap perubahan kadar garam. Larva leptochepalus dan juvenil sidat di daerah tropis memiliki bentuk morfologi yang tidak dibedakan antar spesies sidat (Aoyama et.al 2003). Tingkat kesulitan mengidentifikasi spesies sidat berdasarkan morfologi fase larva dan juvenil menyebabkan terhambatnya pengungkapan keanekaragaman hayati (Herbert 2003).

Salah satu cara identifikasi fase larva adalah menggunakan DNA Barcode. Teknik DNA Barcoding tidak hanya berguna untuk mengidentifikasi spesies yang telah dikenali tetapi juga dapat menemukan spesies baru. Teknik DNA barcoding dapat menyediakan sebuah “barkode biologi”  dari urutan pendek DNA yang distandardisasi untuk mengenali suatu spesies (Hajibabaei et al. 2005). Ide mengenai penggunaan barcoding ditujukan untuk membedakan spesies dan mengidentifikasi spesimen yang sulit dikenali, seperti fase larva, potongan organ maupun material yang mengalami pemrosesan, dengan menggunakan sekuens gen yang cukup pendek.

Gen sitokrom oksidase subunit 1, yang dikenal sebagai CO1, merupakan salah satu gen dalam genom mitokondria (mtDNA) yang sekuennya biasa digunakan sebagai barcode. Sekuen gen CO1 mempunyai sifat-sifat yang memenuhi persyaratan untuk digunakan dalam menentukan suatu spesies pada hampir semua hewan, terutama pada bagian ujung 5’ gen dengan ukuran sekitar 700 bp (Hebert et al. 2003).

Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi komposisi jenis leptocephalus dan glass eel sidat (Anguilla sp.) dalam kumpulan larva ikan dari muara Sungai Kedurang, Bengkulu menggunakan DNA Barcode.

Waktu dan Tempat

Penelitian akan dilaksanakan pada bulan November 2011-Maret 2012 di bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor.

BAHAN DAN METODE

Sampel Ikan. Kumpulan ikan yang diambil dari estuari sungai Kedurang Bengkulu merupakan koleksi Dr. Achmad Farajallah IPB. Kumpulan ikan diambil sekali pada minggu kedua bulan Juli 2011 dan dua kali pada minggu keempat Agustus 2011. Semua sampel disimpan dalam alkohol 70% yang mengandung EDTA 10 mM.

Identifikasi sampel. Larva dan juvenil sidat disortir berdasarkan jumlah myomere ano-dorsal pada larva, kondisi insang, posisi dan kondisi sirip punggung dan sirip dubur.

 

Ekstraksi dan Isolasi DNA. Sampel jaringan yang digunakan sebagai sumber DNA adalah jaringan otot dari seluruh bagian tubuh, terutama bagian tubuh ke arah posterior anaus. Ekstraksi dan isolasi DNA akan menggunakan DNA Extraction Kit for animal tissue (Geneaid).

 

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi ruas gen CO1 mtDNA akan dilakukan menggunakan primer universal gen CO1 pada ikan (http://ibol.org/resources/barcode-library/). Kondisi PCR akan dioptimasikan untuk memperoleh  amplikon tunggal.. Pengujian amplikon akan dilakukan dengan metode polyacrilamiide gel electrophoresis 6% yang dilanjutkan dengan pewarnaan sensitif perak (Byun et al. 2009).

Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequensing. Amplikon berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai dengan desain primer akan dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing menggunakan menggunakan primer yang sama dengan amplifikasi sebelumnya. . Runutan nukleotida yang diperoleh akan diedit kemudian saling disejajarkan menggunakan Clustal W 1.8 yang terdapat dalam program MEGA versi 4.00 (Tamura et al. 2007). Analisis kesamaan nukelotida dan hubungan-hubungan filogenetik antar spesies sidat yang teridentifikasi dan sidat yang datanya sudah tersedia di database GenBank akan dilakukan dengan menggunakan MEGA versi 4.00 dengan berbagai opsi yang akan dieksplorasi kemudian, mulai dari model substitusi, ukuran bootstrap dan pendekatan pembuatan pohon hubungan kekerabatan.

 

RENCANA JADWAL PENELITIAN

 

Kegiatan  Bulan
Februari Maret April Mei Juni
Studi Literatur

******

******

****** ******

******

Penyortiran Sampel

******

Ekstraksi dan isolasi DNA

******

Amplifikasi DNA

******

DNA Sequencing

******

******

Analisis Filogeni

******

******

 

 

 

 

 

Daftar Pustaka

Aoyama J, Wouthuyzen S, Miller MJ, Inagaki T, Tsukamoto K.2003. Short-distance spawning migration of tropical freshwater eels. Biol. Bull. 204:104-108

Aoyama J. 2009. Life history and evolution of migration in catadromous eels (Genus Anguilla). Aqua-BioSci. Monogr. (ABSM) 2: 1–42

Byun SO, Fang Q, Zhou H, dan Hickford JGH. 2009. An effective method for silver-staining DNA in large numbers of polyacrylamide gels. Anal Biochem 385: 174-175.

Hajibabaei et al. Dna barcode distinguish species of tropical Lepidoptera. PNAS 103: 968-971

Hebert PDN, Ratnasingham S, De Waard JR. 2003. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc . R. Soc . B 270: 96–99.

Inoue GJ, Miya M, Tsukamoto K, Nishida M. 2004. Mitogenomic evidence for elopomorph fishes (Teleostei) and the evolutionary origin of the leptocephalus larva. Mol Phylogenet Evol 32:274–286

Tamura K, Dudley J, Nei M dan Kumar S. 2007. MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution 24: 1596-1599.

Tesch FW.1977. The Eel- Biology and Management of Anguillid Eels. Chapman and Hall : London

Tsukamoto K, Umezawa A (1994) Metamorphosis: a key factor of larval migration determining geographic distribution and speciation of eels. In: Proc 4th Indo-Pac Conf Fac Fisheries, Kasetart University, Bangkok, p 231–248

 

 

 

No Comment

Comments are closed.