Leptin and Myostatin Genes in Aceh and Madura Cattles

Nama : Kamaliah G352090111
Pembimbing : RR Dyah Perwitasari Achmad Farajallah
Tanggal Lulus : 31 Juli 2012
Judul Thesis : Polimorfisme Gen Leptin dan Gen Miostatin pada Sapi Potong Aceh dan Madura
    Polymorphism of Leptin and Myostatin Genes in Aceh and Madura Cattles
Ringkasan    
Sapi aceh dan sapi madura merupakan sapi lokal Indonesia penghasil  daging. Produktivitas sapi potong di Indonesia saat ini masih rendah sehingga  tidak memadai untuk memenuhi kebutuhan nasional. Upaya yang dilakukan oleh  pemerintah melalui program seleksi secara konvensional memerlukan pencatatan  produksi dan reproduksi dalam jangka waktu yang lama. Pendekatan seleksi  lainnya yang lebih cepat adalah melalui penggunaan marka genetik. Gen yang  digunakan sebagai marka genetik di antaranya adalah gen leptin dan gen  miostatin. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui polimorfisme gen leptin dan  gen miostatin pada sapi aceh dan sapi madura. Penelitian ini dapat digunakan  sebagai informasi dasar untuk mendukung manajemen perkawinan sapi,  mengetahui asal usul spesies, mengetahui hubungan kekerabatan spesies, dan  identifikasi spesies di dalam produk daging campuran.  Metode yang digunakan untuk memperoleh sampel DNA dari darah  dilakukan menggunakan metode ekstraksi KIT. Amplifikasi ekson 2 gen leptin  dan ruas promotor gen miostatin dilakukan menggunakan metode Polymerase  Chain Reaction (PCR). Amplikon diuji menggunakan Gel Poliakrilamid (PAGE  6%) dan dilanjutkan dengan pewarnaan perak. Perunutan nukleotida kedua gen  dilakukan dengan metode automatic sequencing. Analisis keragaman nukleotida  dilakukan menggunakan rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan metode  Neighbour-Joining (NJ) model Kimura-2-parameter. Berdasarkan gen leptin sapi aceh mempunyai hubungan kekerabatan yang  lebih dekat dengan B. indicus haplotipe GCATC dan B. taurus, berdasarkan gen  miostatin sapi aceh mempunyai hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan B.  taurus. Berdasarkan gen leptin sapi madura mempunyai hubungan kekerabatan  yang lebih dekat dengan B. indicus haplotipe ATGCT, B. indicus haplotipe  GCATC, dan B. taurus, sedangkan berdasarkan gen miostatin sapi madura  berbeda dengan B. taurus.

Berdasarkan gen leptin sapi madura dikelompokkan ke dalam dua  haplotipe kemungkinan karena sapi madura merupakan sapi hasil hibridisasi  antara B. indicus dengan banteng. Bos indicus halotipe ATGCT mempunyai  kesamaan karakter dengan sapi liar. Hibridisasi B. indicus dengan Banteng hingga  membentuk sapi madura diperkirakan terjadi sejak masuknya kebudayaan hindu  dari India ke Indonesia sekitar 1500 tahun yang lalu. Sapi B. indicus yang dibawa  oleh bangsa India tersebut kemudian disilangkan dengan banteng yang ada di  kepulauan Madura. Hubungan kekerabatan antara sapi aceh dengan B. taurus  diperkirakan terjadi sejak dilaksanakan program Inseminasi Buatan (IB) pertama  sekali di peternakan Saree dan Indrapuri pada tahun 1972. Semen beku yang  digunakan berasal dari keturunan B. taurus.

 

Abstract    
Aceh and Madura cattles are a native Indonesian cattle as meat production.  Productivity of beef cattle in Indonesia is still low so it is not used sufficient to  supply national demand. We used leptin and miostatin genes as a genetic marker  to clustering, Marker-Assisted Selection (MAS), and marker for detection of  permissible nature (Halal) food. The aim of this study was to determine  polymorphism of Aceh and Madura cattles. This research applied sequencing  method. The reconstruction of phylogenetic tree using Neighbour-Joining method  with Kimura-2-Parameters model to analyse polymorphism. Aceh cattle based on  leptin gene was clustered into one group with Bos indicus GCATC haplotype and  Bos taurus. Aceh cattle was assembled into one group with Bos taurus based on  myostatin gene. Madura cattle had two haplotypes, one type was Bos indicus  GCATC haplotype or Bos taurus and another type was Bos indicus ATGCT  haplotype or Bos frontalis. Madura cattle based on myostatin gene different from  Bos taurus group.

[ Thesis – fulltext ]

No Comment

Comments are closed.