Phylogeny of Swamp Buffalo

Nama : Sylvia Novita Palupi       G34050562
Pembimbing : Achmad Farajallah RR Dyah Perwitasari
Tanggal Lulus : 28-Jul-09
Judul Skripsi : Filogeni Kerbau Rawa (Bubalus bubalus) Berdasarkan Genom Mitokondria
  Phylogeny of Swamp Buffalo, Bubalus bubalis, Based on Mitochondrial Genome
Abstrak:
Kerbau yang ada saat ini merupakan hasil domestikasi kerbau liar Asia, Bubalus arnee. Kerbau hasil domestikasi dibedakan menjadi dua jenis, yaitu kerbau rawa dan kerbau sungai. Kedua berbeda baik secara fisik, kariotipe dan pola penyebarannya. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui posisi filogeni B. bubalis dalam Bovidae dan mempelajari pola penyebarannya berdasarkan genom mitokondria. Sampel yang digunakan adalah kerbau rawa lokal yang berasal dari Sumatera Utara, Banten, Jawa Tengah dan NTB. Amplifikasi dilakukan secara in vitro dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Produk amplifikasi sebesar 1145 nt dirunutkan dan dianalisis filogeninya. Dari delapan sampel kerbau rawa yang digunakan, sebanyak empat sampel berhasil diamplifikasi yaitu kerbau asal Sumatera Utara, Banten dan NTB. Semua sampel kerbau rawa lokal mengelompok dalam subfamili Bovinae dan famili Bovidae. Pola penyebaran kerbau mengikuti pola ekspansi pertanian manusia dari daratan Cina, tempat nenek moyang kerbau, menuju ke semanjung Malaya (Sumatera Utara) dan ke arah Jawa kemudian menuju ke Indonesia Timur. Hal ini merupakan penjelasan bahwa sampel asal Sumatera Utara adalah haplotipe yang berbeda dari sampel asal Banten dan NTB berdasarkan analisis menggunakan dua basa pertama pada tiap kodon Cyt b.
Abstract:
Buffalo was assumed as a domestication of Asian buffalo wild type, Bubalus arnee. Domesticated buffalo differs into two types, swamp buffalo and river buffalo. Both of them different in morphological, karyotype, and spreading pattern. This research was conducted to investigate the phylogeny position B. bubalis among Bovidae and its expansion based on mitochondrial genome. Samples were used in this research were native swamp buffalo from North Sumatera, Banten, Central Java, and Nusa Tenggara Barat (NTB). Amplification was done with Polymorphism Chain Reaction (PCR) method. The PCR product, 1145 nt in length, were sequenced and analyzed. From eight samples, only four samples (from North Sumatera, Banten and NTB) succesfully amplified. This four samples grouped in sub famili Bovinae and Famili Bovidae. The spreading pattern of buffalo was straight to the human cultivation expansion from China mainland, where buffalo ancestor placed, through Malaya’s Cape (North Sumatera) and Java , then through the East of Indonesia. This results explain that the sample from North Sumatera are different haplotype from Banten’s and NTB’s samples, according to the two of first base in each Cyt b’s codon.

[ Skripsi Lengkap – fulltext ]

 

No Comment

Comments are closed.