Gen BCKDH pada Sapi

Ringkasan/Abstrak Penelitian 2013
Analisis varian gen penyandi kompleks enzim branched-chain ketoacid dehydrogenase pada sapi madura

Achmad Farajallah, Dyah Perwitasari

Rencana penelitian yang diusulkan merupakan bagian dari rencana jangka panjang dalam memetakan varian kompleks-kompleks enzim dari metabolisme intermediet siklus Krebs sebagai landasan dalam mengembangkan teknik budidaya ternak sapi lokal Indonesia.

Tujuan khusus dari rencana penelitian ini adalah mencari varian subunit E1-a (tahun pertama) dan subunit E1-b (tahun kedua) dari gen penyandi kompleks enzim branched-chain a-keto acid dehydrogenase (BCKD) complex pada sapi Madura. Defisiensi dan efektifitas subunit E1-a, E1-b dan E2 dari kompleks enzim ini memunculkan fenotipe maple syrup uridine deficiency pada sapi dan manusia.

Sembilan ekson dari gen subunit E1-a dan sebelas ekson dari gen subunit E1-b akan diamplifikasi dengan teknik PCR terhadap pooled sample sapi madura dari tiga kategori peruntukannya sebagai sapi sayur, sapi karapan dan sapi sonok. Produk PCR kemudian dijadikan cetakan dalam reaksi DNA sekuensing. Amplifikasi PCR terhadap sampel-sampel individu akan dilakukan jika dalam suatu ekson ditemukan adanya polimorfisme. Ruas-ruas ekson yang berhasil di-sekuensing akan dipetakan menjadi ruas transit_peptida, mature_peptide, 5’ UTR dan 3’UTR. Pemetaan ruas-ruas ekson tersebut akan dijadikan landasan dalam analisis berikutnya yang terkait dengan fungsi kompleks enzim BCKD, yaitu analisis hydropathy co-translational transport dari sitosol ke membran bagian dalam mitokondria, analisis insersi/delesi untuk melihat keutuhan stop codon dan analisis substitusi untuk melihat perubahan residu rantai samping asam amino yang berkaitan dengan situs katalitiknya.

No Comment

No comments yet

Leave a reply

You must be logged in to post a comment.