Variation of Mitochondrial Cyt b Gene in Knife Fish

Nama : Evi Alfiah Taukhid  G34062381
Pembimbing : Achmad Farajallah Arif Wibowo
Tanggal Lulus : 28 Februari 2011
Judul Skripsi : Variasi Gen Cyt B Mitokondria pada Ikan Belida
  Variation of Mitochondrial Cyt b Gene in Knife Fish
Abstrak:
Ikan belida merupakan ikan air tawar, famili Notopteridae yang tersebar di India, Pakistan, Bangladesh, Srilanka, Nepal, Thailand dan Indonesia bagian barat. Ikan ini sangat populer untuk konsumsi dan ikan hias, sebagai salah satu ikan air tawar yang dilindungi, studi ikan air tawar memiliki aspek penting dalam biogeografi, karena penyebarannya di laut yang tidak mudah dan garis evolusinya berkaitan dengan sejarah geologis. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variasi runutan nukleotida gen cyt b ikan belida asal Kalimantan (Sungai Mahakam) dan Sumatera (Sungai Indragiri) sebagai dasar mempelajari populasi dan posisi filogenetiknya. Ikan belida sebanyak 38 sampel diambil dari dua sungai, sembilan sampel dari Sungai Mahakam dan 29 sampel dari Sungai Indragiri. Amplifikasi gen cyt b berhasil pada tujuh sampel (KALTIM02, TU02, TU06, TU07, KCO001, KCO005, dan PP03). Analisis filogeni dilakukan menggunakan metode Kimura-2-parameter berdasarkan dua basa pertama setiap kodon serta asam amino. Topografi keduanya menunjukkan bahwa enam sampel berada pada kelompok yang sama dengan Chitala lopis, sedangkan satu sampel dari Sungai Indragiri terpisah dari sampel lain. Keragaman paling tinggi terdapat di Sungai Indragiri dan kekerabatan intrapopulasi yang paling erat terdapat pada populasi Sungai Mahakam.

 

Abstract:
Knife fish is freshwater fish belonging to the Notopteridae famili distributed across India, Pakistan, Bangladesh, Sri Lanka, Nepal, Thailand and western part of Indonesia. This fish is very popular for consumption and ornamental fish. Studies of freshwater fishes, especially in the protected freshwater fish form is an important aspect of biogeographical studies, because they do not disperse easily through saltwater areas, and thus their evolution may be tightly linked to the geological histories. This study aimed to analyze cyt b gene sequence variation of knife fish from the Mahakam River (Borneo) and Indragiri River (Sumatra) as a base for studying their population and phylogenetic position. Samples of 38 fish samples taken from two rivers, nine samples from the Mahakam River and 29 samples from the Indragiri River. Cyt b gene amplification succeeded in seven samples (KALTIM02, TU02, TU06, TU07, KCO001, KCO005, dan PP03). Phylogeny analysis performed using Kimura-2-parameter based on the first two bases of each codon and amino acid. Both topography show that six samples are in the same clade with Chitala lopis, whereas one sample of the Indragiri River separate from the other. The knife fish from Indragiri River have higher diversity than Mahakam River and closest intrapopulation relationship found in Mahakam River population.

[ Skripsi Lengkap – fulltext ]

 

No Comment

Comments are closed.