Archive for the 'Abstrak Skripsi/Thesis' Category

Eksplorasi Cacing Endoparasit Saluran Pencernaan Satwa di Kebun Binatang Semarang

Ulil Albab, Achmad Farajallah, Dyah Perwitasari. 2014. Eksplorasi Cacing Endoparasit Saluran Pencernaan Satwa di Kebun Binatang Semarang. Seminar Masalah Khusus Departemen Biologi FMIPA IPB, 14 Agustus 2014

ABSTRAK

Eksplorasi parasit perlu dilakukan untuk memonitoring penyebaran parasit pada satwa koleksi di Kebun Binatang. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi cacing endoparasit saluran pencernaan dari satwa koleksi Kebun Binatang Semarang. Metode untuk mendeteksi ada tidaknya telur cacing dalam feses menggunakan metode pengapungan dan metode pengendapan telur cacing endoparasit yang ikut bersama feses. Dari 31 jenis satwa yang dieksplorasi diketahui 17 jenis satwa memiliki endoparasit. Hasil eksplorasi dari 17 jenis satwa tersebut, ditemukan 15 jenis endoparasit telur cacing. Hasil eksplorasi pada mamalia ditemukan Nematoda (Ascaris sp., Toxocara sp., Ancylostoma sp., Uncinaria sp., Ostertagia sp., Trichostrongylus sp., Trichuris sp., Capillaria sp.), Cestoda (Spirometra sp., Taenia sp., Hymenolepys sp.,Diphyllobothrium sp.). Hasil eksplorasi pada burung ditemukan Nematoda (Amidostomum sp., Capillaria sp.) dan Trematode (Allaria sp.). Hasil eksplorasi pada reptil ditemukan Nematoda (Rhabdias sp.). Kata kunci: Endoparasit, Nematoda, Cestoda, Trematoda, Mamalia, Aves, Reptil.

PENDAHULUAN

Kebun Binatang adalah tempat beberapa spesies satwa dikumpulkan menjadi satu dalam lingkungan buatan. Ketika satwa tersebut dihadapkan pada lingkungan buatan yang sempit dan berbagai macam satwa disatukan, maka terjadinya perpindahan parasit dari satu satwa ke satwa lain semakin besar. Penyebaran parasit saluran pencernaan pada satwa Kebun Binatang sering menimbulkan dampak negatif bagi kesejahteraan satwa (Panayotova-Pencheva 2013). Dalam kebun binatang, satwa yang dulunya terbiasa hidup dalam lingkungan yang luas akan cenderung memiliki resistensi rendah terhadap serangan parasit (Atanaskova 2011). Menurut Lim et al.(2008), penyebaran parasit pada satwa Kebun Binatang ditentukan oleh pola pemeliharaan, ketersediaan dokter satwa untuk melakukan monitoring kesehatan, dan petugas yang memberikan pengobatan. Status kesehatan satwa di Kebun Binatang tergantung pada banyak faktor diantaranya adalah makanan, kondisi satwa, manajemen satwa dan kondisi lingkungan seperti suhu dan kelembaban (Atanaskova 2011). Selain antar satwa, zoonosis atau perpindahan parasit antara satwa ke manusia yang bisa terjadi ke pegawai Kebun Binatang atau pengunjung (Maske et al. 1990; Chakraborty et al. 1994; Kashid et al. 2003). Monitoring terhadap parasit perlu dilakukan untuk mencegah terjadinya penyebaran parasit di Kebun Binatang. Menurut Panayotova-Pencheva (2013), parasit yang paling umum pada satwa Kebun Binatang adalah helminth atau cacing. Cacing yang paling sering ditemukan adalah nematoda kemudian diikuti cestoda dan trematoda. Infeksi parasit merupakan penyebab utama kematian pada satwa liar di penangkaran (Rao dan Acharjyo 1984). Oleh karena itu, penelitian bertujuan untuk mengeksplorasi endoparasit saluran pencernaan pada satwa Kebun Binatang sebagai langkah awal untuk meningkatkan kesejahteraan satwa Kebun Binatang Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi cacing endoparasit saluran pencernaan dari satwa koleksi Kebun Binatang Semarang melalui analisis keberadaan telur cacing dalam feses.

BAHAN DAN METODE

Pengambilan Sampel Sampel feses dari beragam satwa yang ada di Kebun Binatang Semarang diambil dalam kondisi segar dan dimasukkan kedalam botol sampel. Sampel kemudian dibawa dalam keadaan segar atau diawetkan dalam formalin 10% dan alkohol 95% untuk keperluan identifikasi di Laboratorium.

Metode sedimentasi Feses segar sebanyak 1 gram ditambah 10 ml formalin 10% kemudian diaduk hingga homogen. Larutan disaring dengan kertas saring dan dimasukkan ke dalam tabung sentrifugasi sebanyak 7 ml. Ethil asetat ditambahkan sebanyak 3 ml hingga larutan mencapai 10 ml. Telur cacing diendapkan dengan ethil asetat dan supernatan dihilangkan dan endapan yang ada diamati dengan mikroskop cahaya.

Metode pengapungan Feses segar sebanyak 10 gram digerus dengan mortar dan dicampur dengan 90 ml larutan pengapung kemudian diaduk sampai homogen. Sampel diaduk rata agar telur tidak terkonsentrasi di tengah. Cairan yang paling atas diambil dengan pipet dan dimasukkan ke dalam slide untuk diamati dengan mikroskop cahaya (Whitlock 1948).

Identifikasi Endoparasit Identifikasi telur cacing dilakukan di Laboratorium Biosistematika dan Ekologi Hewan di Departemen Biologi FAPET lantai 5 IPB. Karakter telur yang diamati yaitu ukuran, bentuk, tahap perkembangan, ketebalan selaput telur, warna, keberadaan karakter seperti operkulum, duri, kait, atau mammilated outer cost berdasarkan Noble et al. (1961); Flynn (1973); Soulsby (1982); Foreyt (2000); Baker (2007); Zajac dan Conboy (2011).

HASIL DAN PEMBAHASAN

(untuk memahami teks dari Gambar-gambar dibawah, silakan datang di hari seminarnya di Lv5 Gd FAPET Tanggal 14 Agustus 2014, pukul 14.30)

Tabel1 Gb6 Gb5 Gb4 Gb3c Gb3b Gb3a Gb2 Gb1

SIMPULAN

Kesimpulan penelitian ini yaitu dari 31 jenis satwa Kebun Binatang Semarang yang diteliti ada 17 jenis satwa (54,84 %) yang ditemukan terinfeksi parasit. Identifikasi telur parasit menemukan ada 15 jenis endoparasit telur cacing (Tabel 1). Pada mamalia ditemukan Nematoda (Ascaris sp., Toxocara sp., Ancylostoma sp., Uncinaria sp., Ostertagia sp., Trichostrongylus sp., Trichuris sp., Capillaria sp.), Cestoda (Spirometra sp., Taenia sp., Hymenolepys sp.,Diphyllobothrium sp.). Pada burung ditemukan Nematoda (Amidostomum sp., Capillaria sp.) dan Trematode (Allaria sp.). Pada reptil ditemukan Nematoda (Rhabdias sp.).

Kolokium Elly Widyas Ningsih G34100114

Elly Widyas Ningsih (G34100114), Achmad Farajallah, Sulistijorini. 2013. Analisis Vegetasi Padang Penggembalaan Domba terhadap Infestasi Cacing pada Domba di Kabupaten Majalengka, Jawa Barat. Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB, 28 November 2013

 

PENDAHULUAN

Domba (Ovis aries; Bovidae) di Pulau Jawa dikelompokkan menjadi tiga, yaitu domba ekor tipis (DET) atau domba lokal, domba ekor gemuk (DEG), dan domba Priangan atau domba Garut (Mason 1980; Adjisoedarmo et al. 1984). Domba merupakan sumber protein penting di Indonesia sekelas sapi dan ayam. Hal tersebut terlihat dari jumlah populasi ternak domba pada tahun 2012 mencapai 13,4 juta ekor, dengan populasi terbesar di Jawa Barat mencapai lebih dari 8 juta ekor (Direktorat Jenderal Peternakan 2012). Sebagaimana ternak lainnya di daerah tropis basah, dalam saluran pencernaan domba bisa ditemukan beragam jenis cacing. Cacing parasit bisa menghambat pertumbuhan domba dan pada kondisi tertentu akan menyebabkan kematian. Beberapa jenis cacing yang diketahui menginfeksi saluran pencernaan domba adalah Capillaria sp., Trichuris sp., Strongyloides papillosus, Skrajabinema sp., Dicrocoelium dendriticum, Nematodirus sp., Fasciola hepatica, Protostrongylus sp., Dictyocaulus filaria, Moniezia expansa, Thysanosoma actinoides, dan Muellerius capillaris (Zajac dan Conboy 2012).

Salah satu faktor yang mempengaruhi infestasi cacing pada domba ialah pakan. Domba di peternakan rakyat Kecamatan Jati Tujuh, Kabupaten Majalengka, Jawa Barat dipelihara dengan cara digembalakan. Pada musim kemarau, domba biasanya digembalakan di sawah, sedangkan apabila musim tanam padi tiba, domba digembalakan di kebun tebu milik salah satu perusahaan gula. Ternak domba tersebut hanya mengkonsumsi pakan hijauan alami. Menurut Fachrul (2007), masyarakat tumbuhan yang terbentuk oleh berbagai populasi jenis tumbuhan yang terdapat di dalam satu wilayah atau ekosistem serta memiliki variasi pada setiap kondisi tertentu disebut vegetasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan komposisi jenis tumbuhan pada suatu padang gembalaan dengan keberadaan cacing pada domba di peternakan rakyat Kecamatan Jati Tujuh, Kabupaten Majalengka, Jawa Barat.

 

BAHAN DAN METODE

Waktu dan Tempat

Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Oktober 2013 sampai dengan bulan Maret 2014 di padang penggembalaan domba di Kecamatan Jati Tujuh, Kabupaten Majalengka dan bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan Departemen Biologi, FMIPA IPB.

 

Metode

Tingkat infestasi cacing pada domba akan dilakukan dengan menghitung jumlah telur cacing yang ada di feses (FEC, Faecal Egg Counting). Domba tergolong infeksi ringan apabila jumlah telur cacing berkisar 5-500 buah/g; sedang 500-2000 buah/g; dan berat diatas 2000 buah/g.

Pengambilan Sampel Feses. Feses diambil dengan cara faecal swapped from anus. Kisaran umur domba ditentukan dengan metode judging dan bertanya kepada penggembala.

Preparasi Sampel. Sampel dipreparasi dengan dua cara, yaitu dengan metode pengapungan dan sedimentasi.

Pengapungan. Sebanyak 2 gram feses digerus dan ditambahkan garam jenuh sebanyak 60 mL, dihomogenisasi, dan didiamkan selama 5 menit. Cairan yang berada di permukaan diambil menggunakan pipet tetes, dan diletakkan di atas gelas objek (modifikasi McMaster) (Whitlock 1948) lalu diamati di mikroskop.

Sedimentasi. Sebanyak 10 mL formalin 10% ditambahkan pada sekitar 1 gram feses, kemudian diaduk sampai homogen. Campuran kemudian disaring dengan kain kasa dan dimasukkan ke dalam tabung hingga volume mencapai 7 mL. Lalu ditambahkan etil asetat sebanyak 3 mL dan disentrifuse selama 1 menit dengan kecepatan 2700 rpm. Campuran dipindahkan kembali ke dalam tabung sentrifuse lain dan disentrifuse selama 1 menit dengan kecepatan rendah. Bagian sedimen diambil dan diletakkan di atas gelas objek, lalu diamati di mikroskop.

Identifikasi Telur. Telur yang diperoleh diidentifikasi berdasarkan Zajac dan Conboy (2012) dan Soulsby (1982).

Analisis Vegetasi. Analisis dilakukan dengan membuat plot berukuran 2 x 2 meter, minimal sebanyak 6 plot. Plot tersebut ditentukan dengan mengikuti jelajah domba selama kurang lebih 3 jam. Setiap plot dilakukan inventarisasi jenis dan jumlah tumbuhan. Selain itu beberapa kondisi lingkungan mikro akan direkam. Tumbuhan dijadikan herbarium untuk memudahkan identifikasi. Tumbuhan yang diperoleh diidentifikasi berdasarkan Van Steenis (1988). Pengukuran iklim mikro dilakukan menggunakan alat 4 in 1 climate detector.

 

DAFTAR PUSTAKA

Adjisoedarmo S, Purnomo B, Marmono EA. 1984. Analisa genetik karakteristik pertumbuhan sebelum disapih domba bercak hitam Jawa Tengah. Pertemuan Ilmiah Penelitian   Ruminansia Kecil = Mtg; 1983 Nov 22-23; Bogor, Indonesia. Bogor (ID): Pusat Penelitian dan Pengembangan Peternakan. Hlm 163-166.

[Ditjenak] Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan. 2013. Statistik Peternakan dan      Kesehatan Hewan 2013. Jakarta (ID): Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan   Hewan Kementerian Pertanian RI.

Fachrul MF. 2007. Metode Sampling Bioekologi. Jakarta (ID): Bumi Aksara.

Mason IL. 1980. Prolific Tropical Sheep. Rome (IT): Agriculture Organization of United       Nations.

Soulsby EJL. 1982. Helminths, Arthropods, and Protozoa of Domesticated Animals (Mönnig).    Ed ke-7. New York (US) and London (GB): Academic Press.

Van Steenis CGGJ. 1998. Flora: untuk sekolah di Indonesia. Surjowinoto M, penerjemah. Jakarta (ID): PT Pradnya Paramita.

Whitlock HV. 1948. Some modifications of the McMaster helminth egg counting technique and       apparatus. J Counc Sci Ind Res. 21:177-180.

Zajac AM, Conboy GA. 2012. Veterinary Clinical Parasitology. Ed ke-8. Oxford (GB): John   Wiley & Sons, Inc.

Diversity of Freshwater Shrimp In Jambi

Nama : Lora Purnamasari G352110011
Pembimbing : Achmad Farajallah Daisy Wowor
Tanggal Lulus : 11 Nopember 2013
Judul Thesis : Keanekaragaman Udang Air Tawar Di Berbagai Tipe Habitat, Jambi
Diversity of Freshwater Shrimp In Several Habitat, Jambi
Ringkasan :
Udang air tawar Indonesia terdiri atas suku Atyidae dan Palaemonidae dari ordo Dekapoda. Udang air tawar berperan penting secara ekologis dan ekonomis. Faktor pembatas utama yang mempengaruhi keberadaan jenis udang air tawar antara lain karakteristik habitat, riparian dan kualitas lingkungan.

Provinsi Jambi termasuk daerah dengan hutan hujan tropis dataran rendah yang mengalami deforestasi tercepat di daerah Asia. Kondisi tersebut dikhawatirkan dapat menyebabkan terjadinya ketidakseimbangan ekosisitem sungai yang akan mempengaruhi penurunan keanekaragaman jenis udang air tawar.

Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari keanekaragaman udang air tawar pada sungai yang terdapat di kebun kelapa sawit, kebun karet, hutan rakyat dan hutan sekunder dalam kaitannya dengan alih fungsi lahan.

Dalam mengindentifikasi secara morfologi tidak terlepas dari kemungkinan kesalahan peneliti. Kesalahan identifikasi morfologi dapat disebabkan oleh fenomena cryptic spesies maupun sibling spesies. Fenomena tersebut dapat menyebabkan masalah sinonim yaitu terdapat nama ganda pada satu spesies atau sebaliknya. DNA barcode berfungsi untuk mengklarifikasi jenis udang air tawar. Gen yang digunakan yaitu COI, merupakan salah satu gen dalam genom mitokondria(mtDNA) yang sekuennya biasa digunakan sebagai barcode.

Koleksi sampel di lakukan di dua lokasi, lokasi satu pada sungai-sungai yang terdapat di Kabupaten Batanghari, dan lokasi dua sungai yang terdapat di Kabupaten Sarolangun. Penagambilan sampel dilakukan di empat tipe habitat, yaitu kebun kelapa sawit, kebun karet, hutan rakyat, dan hutan sekunder. Penentuan lokasi sampel secara purposive dilanjutkan dengan road sampling. Pengambilan sampel menggunakan hand net dan bubu. Identifikasi specimen berdasarkan Wowor et al. 2004 dan Cai et al. 2007. Faktor lingkungan yang diukur yaitu kecepatan arus, kedalaman sungai, kecerahan, pH, suhu, dan tipe substrat. Data udang air tawar dianalisis dengan menghitung keanekaragaman, dan kemerataaan. Hubungan jumlah individu dengan habitat dianalisis dengan Uji Kruskal Walis non parametric dan uji Multiple Comparisons. Hubungan faktor lingkungan terhadap jenis udang air tawar mengunakan Canonical Corespondance Analysis melalui software R. Indeks keanekaragaman dihitung menggunakan program Primer 5. Analisa kesaaman pada masing-masing habitat di analisi dengan Bray-Curtis melalui software R. Indeks keanekaragaman dihitung menggunakan program Primer 5.

Pada penelitian ini diperoleh 6 jenis udang air tawar, yaitu Macrobrachium malayanum, M. pilimanus, M. lanchesteri, Caridina malayensis, C. propinqua, C. excavatoides. Macrobrachium malayanum banyak diperoleh pada perairan yang memiliki arus deras maupun arus lambat, M. pilimanus diperoleh pada habitat yang memiliki arus deras, dan berbatu, sedangkan M. lanchesteri banyak diperoleh pada air tidak mengalir, kolam, dan rawa. Caridina malayensis, C. propinqua, C. excavatoides. diperoleh pada sungai yang memiliki tumbuhan air. Berdasarkan analisis Kruskal Wallis non parametric tidak adanya perbedaan nyata pengaruh alih fungsi lahan terhadap jumlah individu pada masing-masing tipe habitat pada lokasi satu maupun dua. Setelah dianalisis lebih lanjut dengan uji Multiple Comparisons terlihat perbedaan pada masing-masing habitat dalam mempengaruhi atau tidak terhadap jumlah individu.

Berdasarakan analisa Canonical Corespondance Analysis pada loaksi satu fakor lingkungan yang mempengaruhi distribusi Macrobrachium lanchesteri yaitu ketinggian, lebar dan pH. Faktor lingkungan yang mempengaruhi distribusi Caridina malayensis, C. excavatoides dan C. propinqua yaitu suhu dan pH. Faktor yang mempengaruhi distribusi jenis M. pilimanus dan M .malayanum adalah kecepatan arus dan kecerahan. Pada lokasi dua faktor lingkungan yang mempengaruhi distribusi M.  malayanum yaitu pH dan suhu. Faktor lingkungan yang mempengaruhi distribusi M. lanchesteri adalah pH dan kecerahan. Faktor lingkungan tidak berpengaruh secara langsung terhadap distribusi M. pilimanus.

Berdasarkan analisa Bray-Curtis menunjukkan pada lokasi satu, lahan pertanian monokultur disatu kelompok, karena memiliki kondisi yang seragam sehingga jumlah individu yang ditemukan hampir sama. Pada lokasi dua, terdapat dua kelompok besar, yaitu hutan rakyat dan kebun karet di satu kelompok, sedangkan kebun sawit dan hutan sekunder di satu kelompok.

Indeks keanekaragaman di lokasi satu tertinggi yaitu terdapat di habitat kebun kelapa sawit(1.148), sedangkan indeks kemerataan tertinggi di habitat hutan rakyat (0.934). Indeks keanekaragaman dilokasi dua tertinggi terdapat di habitat hutan sekunder (0.699), sedangkan indeks kemerataan tertinggi di habitat hutan rakyat (0.609).

Berdasarkan analisis DNA barcode penelitian ini berhasil mengkarakterisai gen COI sebesar 446 pb dari kedua sampel yaitu Macrobrachium malayanum dan M.pilimanus. Jarak genetik berdasarkan COI berkisar anatara 21.8% sampai 29.7% . Jarak genetic menghasilkan kekerabatan yang diilustrasikan melalui pohon filogeni. Pohon filogeni terdapat dua klad besar mengelompok.

Summary :
Freshwater shrimp Indonesia consists of Familyl Atyidae and Palaemonidae from ordo decapoda. Shrimp has important role ecologicaly and economicaly. The  factors of main barrier in influencing the presence of freshwater shrimp species include habitat characteristics, riparian and environmental quality.

Jambi province, including areas with lowland tropical rainforest is highest deforestation in the Asian region . The condition is feared could lead to an imbalance that will affect the river ecosystem decline in species diversity of freshwater shrimp.

The purpose of this research is to study the diversity of awar water on the river prawns contained in palm oil plantations, rubber plantations, community forests and secondary forests in relation to land use change.

Morphologically identification errors occurred due to the phenomenon of cryptic or siblings species. Both of them could cause problems on synonym that are multiple names on one species or vice versa.. DNA barcoding serves to clarify the types of freshwater shrimp . Used the COI gene, is one of the genes in the mitochondrial genome ( mtDNA ) is sekuennya commonly used as a barcode .

The shrimp were colelected from two locations, one at the location of the rivers that are in Batanghari, and the location of the two rivers located in Sarolangun. Collection freshwater shrimp were conducted in four habitat types i.e oil palm plantations, rubber plantations, community forests, and secondary forests. Determining the location of the purposive sample continue by using road sampling. Sampling using a hand net and fish traps. Specimen identification based Wowor et al . 2004 and Cai et al ., 2007. Water quality measured was pH, temperature, brightness, depth, velocity, and substrate. Data were analyzed with freshwater shrimp diversity index (Shanoon Wiener), and eveness index (Pielou’s). Relationship with the of individuals analyzed habitat with non-parametric Kruskal Walis and Multiple Comparisons test . Relationship of environmental factors on freshwater shrimp species corespondance Canonical Analysis using software through R. Diversity index were calculated using Primer 5 program. Similarity analysis of each habitat in the Bray Curtis analysis through software R. Diversity indices were calculated using Primer 5 program .

There were six spesies of freshwater shrip found, i.e Macrobrachium malayanum, M. pilimanus, M. lanchesteri, Caridina malayensis, C. propinqua, C. excavatoides. Macrobrachium malayanum obtained in slow flowing and fast flowing, M. pilimanus obtained in habitats fast flowing and substrate rocky, while M. lanchesteri obtained in habitat open country, water is not flowing, ponds and swaps. Caridina malayensis, C. propinqua, C. excavatoides. obtained on the river that has water plants. Based on Kruskal Wallis non-parametric analysis no significant differences influence conversion land toward individuals in each habitat type in one or two locations. Upon further analysis with Multiple Comparisons test looks at the difference in their respective habitats or not influence of the number of individuals

Corespondance Canonical Analysis Based on the analysis on the factor location environment that affects the distribution of Macrobrachium lanchesteri i.e altitude, depth and pH. Environmental factors affecting the distribution of Caridina malayensis, C. excavatoides and C. propinqua ie temperature and pH. Factors affecting the distribution of M. pilimanus and M .malayanum is the velocity and brightness . On location two environmental factors affecting the distribution of M. malayanum ie pH and temperature. Environmental factors affecting the distribution of M. lanchesteri is pH and brightness. Environmental factors do not directly affect the distribution of M. pilimanus .

Bray-Curtis analysis based on the location of the show, on the one land monoculture farming groups, as it has a uniform shape so that of individuals found nearly equal. At two locations, there are two major groups, secondary forests and rubber plantations in one group, while oil palm plantations and secondary forests in the group .

Index at the location of the highest diversity is found in oil palm plantation habitats(1,148 ), while the highest evenness index in community forest 0934 ). Diversity index of the location of the two highest in the secondary forest 0.699 ), while the highest evenness index in community forest habitat( 0609 )

Based on the analysis of DNA barcoding study is successful caracterize COI gene were 446 bp of the second sample of Macrobrachium malayanum and M. pilimanus. The genetic distance based COI were range 21.8 % up to 29.7 % .Genetic distance gene sequences generated relatedness as shown in phylogenetics tree. Phylogeny tree there are two major klad clustered

The Diversity of Freshwater Crab in Jambi

Nama : Vendi Eko Susilo G352110071
Pembimbing : Achmad Farajallah Daisy Wowor
Tanggal Lulus : 6 Nopember 2013
Judul Thesis : Keanekaragaman Kepiting Air Tawar (Crustacea: Decapoda: Brachyura) Di Propinsi Jambi
The Diversity of Freshwater Crab (Crustacea Decapoda: Brachyura) in the Regencies of Batanghari and Sorolangun, Jambi Province
Ringkasan :
Kepiting air tawar merupakan anggota kelompok Ordo Decapoda, Sub Ordo Brachyura. Kepiting air tawar dapat ditemukan di seluruh badan perairan sungai mulai dari dataran rendah sampai pegunungan. Keanekaragaman kepiting air tawar terus mengalami penurunan yang disebabkan oleh perubahan-perubahan kondisi habitat. Provinsi Jambi merupakan daerah dengan tingkat laju pembalakan hutan yang sangat tinggi dibandingkan dengan daerah Asia yang lain. Pembalakan hutan menyebabkan terjadinya fragmentasi habitat yang berdampak pada perubahan susunan dan komposisi biota, baik biota darat maupun perairan tawar. Penelitian ini dilakukan untuk mempelajari keanekaragaman kepiting air tawar di Kabupaten Batanghari dan Sorolangun Jambi pada beberapa tipe habitat.

Penelitian dilakukan di Kabupaten Batanghari dan Sorolangun pada sungai yang ada pada habitat kebun karet, kebun kelapa sawit, hutan rakyat dan hutan sekunder. Koleksi spesimen menggunakan hand net dan bubu. Sampel yang berhasil diperoleh kemudian diawetkan dalam alkohol 70%. Selain itu beberapa fakor lingkungan yang diamati adalah ketinggian (m), kecerahan (m), kecepatan arus (m/s), suhu (°C), kedalaman (m), lebar (m), pH dan tipe substrat sungai.

Di Kabupaten Batanghari dan Kabupaten Sorolangun didapatkan 5 spesies kepiting air tawar, yaitu Parathelphusa tridentata, P. batamensis, P. maindroni, P. maculata dan Geosesarma sp. Berdasarkan analisa gen COI mitokondria, P. batamensis dan P. maindroni memiliki perbedaan nukleotida sebesar 1.45% (8 nt).

Di Kabupaten Batanghari, faktor lingkungan yang mempengaruhi distribusi P. batamensis adalah pH, suhu dan lebar sungai, sedangkan untuk P. maculata, P. tridentata, dan Geosesarma sp adalah kedalaman; P. maindroni adalah ketinggian dari permukaan laut. Sedangkan, di Kabupaten Sorolangun, faktor lingkungan yang mempengaruhi distribusi Geosesarma sp dan P. maculata adalah kecepatan arus, P. batamensis dan P. tridentata adalah kedalaman dan kecerahan, dan untuk P. maindroni adalah ketinggian dari permukaan laut.

Keanekaragaman kepiting air tawar tertinggi terdapat pada habitat hutan rakyat baik yang terdapat di Kabupaten Batanghari maupun Kabupaten Sorolangun. Sedangkan keanekaragaman kepiting air tawar terendah terdapat pada habitat kebun kelapa sawit  di Kabupaten Sorolangun.

Struktur komunitas kepiting air tawar di Kabupaten Batanghari dan Sorolangun berbeda di setiap habitat. Parathelphusa batamensis ditemukan pada semua tipe habitat di Kabupaten Batanghari dan Sorolangun.

Hasil analisa uji statistik Multiple Comparisons menunjukkan bahwa di Kabupaten Batanghari jumlah individu yang ditemukan di hutan rakyat dan di kebun kelapa sawit sangat berbeda (P<0.01), begitu juga dengan yang ditemukan di hutan rakyat dan kebun karet. Di Kabupaten Sorolangun, jumlah individu kepiting antara yang ditemukan di kebun karet dan di hutan sekunder sangat berbeda (P<0.001).

Summary :
Freshwater crabs are members of the order Decapoda, sub order Brachyura. They can be found in all freshwater bodies. They can also adapt to semi-terrestrial and terrestrial environments. The diversity of freshwater crabs has declined due to habitat changes. Jambi province is an area with high deforestation rate compared to other Asian regions. The deforestation causes habitat fragmentation which alters the biota composition, both terrestrial and aquatic biota. The aims of this study were to study the diversity of freshwater crab in the Regencies of Batanghari and Sorolangun of Jambi in several habitats type.

The study was conducted in rubber plantations, oil palm plantations, community forests and secondary forests located at the Regencies of Batanghari and Sorolangun. The specimens were collected by using hand net and fish trap which were preserved in 70% alcohol. The environmental factors observed were altitude (m), brightness (m), velocity (m/second), temperature (°C), depth (m), width (m), pH and substrate type.

In Batanghari and Sorolangun Regency, was found 5 species of freshwater crabs that consisted of Parathelphusa tridentata, P. batamensis, P. maindroni, P. maculata and Geosesarma sp. through morphological identification. Based on mitochondrial COI gene analysis, P. batemensis and P. maindroni have nucleotide difference 1.45% (8 nt).

In Batanghari Regency, the environmental factors affecting the distribution of P. batamensis were pH, temperature and width of the river, while the distribution of P. maculata, P. tridentata, and Geosesarma sp was affected only by depth; and P. maindroni was altitude. In Sorolangun Regency, the environmental factors affecting the distribution of Geosesarma sp and P. maculata were velocity, the distribution of P. batamensis and P. tridentata was affected by depth and brightness, while the distribution of P. maindroni was influenced by altitude.

The highest freshwater crab diversity was found in community forest of both regencies. The lowest freshwater crab diversity was found in oil palm plantation  habitat in Sorolangun Regency.

The community structure of freshwater crab in Batanghari and Sorolangun Regencies was different in each habitat. Parathelphusa batamensis was found in all habitat types in both regencies.

The results of the Multiple Comparisons test showed that In Batanghari Regency there were differences in number of individual crab among community forest and oil palm plantation  (P<0.01), as well as at community forest and rubber plantation. In Sorolangun Regency, the number individual of crabs among rubber plantation and secondary forest (SF) were significantly different (P<0.001).

Molecular Identification of Tadpoles in Java

Nama : Luthfia Nuraini Rahman  G352100031
Pembimbing : Achmad Farajallah Mirza Dwi Kusrini
Tanggal Lulus :  
Judul Thesis : Deskripsi morfologi, identifikasi molekular dan posisi filogeni berudu di Pulau Jawa berdasarkan gen 12SrRNA dan 16SrRNA
    Morphological Description, Molecular Identification and Phylogenetic Relationship of Tadpoles in Java Island Based on 12S rRNA and 16S rRNA Genes
Abstract    
Within life cycle of frogs, larval phase is the most difficult phase to identify, as well as an important phase in the development of Anuran. This study aims to identify tadpoles using morphological and molecular characteristics and to assess the phylogenetic of Anuran in Java Island based on tadpoles. Molecular phylogenetic relationship of tadpoles was estimated using 1362 bp of sequences from the 12S and 16S rRNA genes. Morphological characteristics showed that tadpole samples (N=94) were differentiated to 17 species in 6 families. Based on molecular characteristics there are high similiarty between O. hosii and L. hasseltii, and between F. limnocharis and F. iskandari. Anuran as monophyletic group was well-supported except for Rhacophorid based on 12S rRNA gene. Based on 12S and 16S rRNA genes P. aspera was more closely related to of B. japonicus, while F. limnocharis was more closely related to F. iskandari based on 12S, 16S and 12S-16S rRNA genes.

[ Thesis – fulltext ]

Categorization in Macaca fascicularis

Nama : Kanthi Arum Widyastuti G362070051
Pembimbing : Bambang Suryobroto Akichika Mikami Achmad Farajallah
Tanggal Lulus : 25 Januari 2012
Judul Disertasi : Categorization in Macaca fascicularis
  Kemampuan kategorisasi Macaca fascicularis
Ringkasan:
Kategorisasi adalah kemampuan seseorang untuk mengelompokkan individu-individu atau kejadian-kejadian ke dalam kelompok yang berbeda. Kemampuan kategorisasi didukung oleh konsep yang dibentuk di otak. Ada beberapa tingkat kategorisasi. Pada tingkat yang paling dasar, semua anggota kelompok memiliki banyak persamaan ciri fisik dibandingkan dengan kelompok lainnya. Semakin tinggi tingkat kategorisasi, persamaan ciri fisik di antara anggota kelompok semakin sedikit. Selain manusia, hewan diduga juga memiliki kemampuan kategorisasi. Salah satu contoh kategorisasi adalah diskriminasi spesies hewan yang berbeda. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan diskriminasi spesies pada Macaca fascicularis. Monyet ini memiliki kemampuan untuk melihat foto sebagai representasi dari benda sebenarnya. Penelitian ini menggunakan stimulus berupa foto-foto wajah dari manusia dan hewan dengan metode matching-to-sample task. Saya melakukan tiga eksperimen utama. Pertama, saya ingin menguji apakah M. fascicularis dapat mengelompokkan manusia dan makaka ke dalam dua kelompok terpisah. Kedua, saya ingin mengetahui apakah monyet mampu membedakan antara individu-individu spesiesnya dengan individu-individu dari spesies lain. Terakhir, saya ingin menguji apakah monyet mampu membedakan antara manusia dan hewan lain non manusia. Hasil penelitian menunjukkan bahwa M. fascicularis mampu memisahkan dan mengelompokan objek-objek ke dalam kategori yang diujikan walaupun saya menyingkirkan informasi visual dari stimulus seperti warna dan bentuk. Kemampuan monyet untuk mengidentifikasi objek berdasarkan sedikitnya informasi fisik mengindikasikan adanya kemampuan dalam membentuk konsep yang lebih abstrak. Selain itu, pada eksperimen ke dua, monyet saya berhasil menemukan ciri-ciri unik dari masing-masing spesies makaka. Saya juga menemukan bahwa monyet berhasil mengelompokkan foto-foto hewan yang berbeda secara fisik ke dalam satu kelompok. Saya menduga bahwa monyet dapat membuat konsep yang lebih abstrak berdasarkan hubungan non-perseptual sebagai dasar untuk mengelompokkan objek ke dalam satu kategori. Saya menyimpulkan bahwa dalam mengkategori hewan, M. fascicularis menggunakan beberapa tingkatan abstraksi.

 

Summary:
Categorization is an ability to group individuals or events into different classes mediated by conceptualized mental image. There are several levels of categorization and within a taxonomy the levels are nested. At the most concrete level of categorization, all or most members of the category shared common physical attributes that differ from other category. The higher the level of category, the fewer common attributes between members of the group. In addition to humans, the ability to categorize has also been proposed in animals. In addition to humans, the ability to categorize has also been proposed for animals. Being able to identify, visually or otherwise, a new object as a member of a category is an advantage for animals. It should help them to distinguish between food or non-food, or to discriminate between species of animals. This species discrimination is important to prevent hybridization among species.

Using matching-to-sample task, present experiments tested the ability of the long-tailed macaque (Macaca fascicularis) in discriminating dichotomousstimuli of different animals. The species has been shown to be able to see photos as representations of real objects so we used facial photos of humans and animals for the stimuli. Using operant conditioning method, I trained monkeys to associate matching to sample stimuli against a distractor stimulus. First, I showed monkeys a sample stimulus as a reference to be matched. To ensure that the subjects paid attention to the sample stimulus, they had to touch it and for this they received reward that they find beneath the stimulus. Next, I presented a matching stimulus and a distractor stimulus side-by-side. The subjects must choose one of them. When the subjects chose the matching stimulus, they received a piece of food as a reward; the response was counted as a correct one. When they chose the distractor, they did not get any rewards. Subject’s motivation for reward warranted the choice of the matching stimulus. The location of matching and distractor stimuli on the tray was arranged pseudorandomly. I blocked every 20 trials into one session and measured their correct rate. If the subject chose the matching stimuli higher than 90% in a session, I interpreted they were able to associate matching to sample stimuli. Logically, this may be inferred as the subject had developed dichotomic concepts of matching against distractor. When they showed this competence, they went to test phase. I expect that monkeys were able to transfer their concept learned in training phase into new stimuli by showing the same performance in both baseline and test trials. In the test phases, I introduced new matching and distractor stimuli and see their response into the stimuli. I did three major experiment. First, I tested their ability to classify human and macaques into separate group. Second, I tested their ability to discriminate their conspecific from other macaques. And the last, I tested whether the subjects able to discriminate non-human animals from human.

In all of these experiments I found that the subjects showed high performance in categorizing objects, even when I discarded details of visual informations, such as color and local features. The ability to identify objects with reduced representation of physical properties means that the subjects are able to generalize attributes of members of the group. This would indicate that the subjects have ability to create a higher level abstraction. On the other hand, in discriminating intragenic macaque species, I found that they were able to extract uniqueness of each species. More over, I also found that the subjects able to put photos of non-primates animals that shared very few similarities in physical properties into one group. Monkeys may able to create a logical concept such as A and non-A. I suggest that the subjects could create abstract concepts free from the physical properties as a basis to put objects into one category. Thus, I conclude that M. fascicularis are able to perform multiple levels of categorizations.

[ Disertasi Lengkap – fulltext ]

 

 

Diversity of Myostatin Gene (GDF-8) on Madura Cattle

Nama : Iqbal Imannulloh    G34070079
Pembimbing : Achmad Farajallah RR Dyah Perwitasari
Tanggal Lulus : 25 Juni 2012
Judul Skripsi : Keragaman Gen Miostatin (GDF-8) pada Sapi Madura
  Diversity of Myostatin Gene (GDF-8) on Madura Cattle
Abstrak:
Sapi madura merupakan salah satu sapi lokal Indonesia yang memiliki kemampuan adaptasi terhadap iklim tropis di kepulauan Madura dan memiliki kualitas daging serta kulit yang baik. Perkembangan dan diferensiasi massa otot rangka dikendalikan oleh gen miostatin atau growth differentiation factor-8 (GDF-8). Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui keragaman gen miostatin (ekson 2 dan ekson 3) pada sapi madura dan dibandingkan dengan gen miostatin dari genus Bos lainnya pada tingkat runutan nukleotida. Identifikasi varian gen miostatin dilakukan terhadap 21 sampel DNA sapi madura dan perunutan nukleotida dilakukan terhadap amplikon menggunakan metode sampel DNA pooling. Enam varian yang ditemukan pada ekson 2 yaitu C1G (Leu), C41T (Ala), G239A (Arg), G266A (Arg), A268G (Thr), dan A331G (Met), sedangkan pada ekson 3 yaitu G75A, G77A, T261C, C273T, A330C (Ile), dan T336C (Thr). Analisis varian menunjukkan bahwa empat varian pada ekson 3 hanya terdapat pada sapi madura, satu bersifat missense yaitu G77A (His — Arg), tiga varian lainnya bersifat nonsense yaitu G75A (Glu), T261C (Ala), dan C273T (Cys). Enam varian pada ekson 2 dan dua varian pada ekson 3 memiliki kesamaan nukleotida basa pada genus Bos lainnya, yaitu C1G (48%), C41T (64%), G239A (88%), G266A (92%), A268G (96%), A331G (92%), A330C (72,7%), dan T336C (36,4%). Varian yang ditemukan pada sapi madura berbeda dengan varian yang menunjukkan fenomena double muscling.

 

Abstract:
Madura cattle is one of Indonesian local cows that have an ability to adapt the tropical climate in Madura island and produce good quality meats and skins. Development and differentiation of muscle mass are controlled by myostatin gene or growth differentiation factor-8 (GDF-8). This research aimed to estimate the diversity of myostatin gene (exon 2 and exon 3) in madura cattle and compared it with myostatin gene from other Bos genus. The identification of myostatin gene diversity was performed on 21 DNA samples from madura cattle and nucleotides sequencing was conducted on the amplicon using DNA pooling sample methods. The six variants of the exon 2 were C1G (Leu), C41T (Ala), G239A (Arg), G266A (Arg), A268G (Thr), and A331G (Met), whereas on exon 3 was G75A, G77A, T261C, C273T, A330C (Ile), and T336C (Thr). The variance analysis showed that there were four variants of exon 3 that only found in a madura cattle, one variant has missense characteristic, that is G77A (His — Arg), and the three other variants have nonsense characteristic, that are G75A (Glu), T261C (Ala), and C273T (Cys). The six variants of exon 2 and two variants of exon 3 had a nitrogen base similarity with the other Bos genus, that are C1G (48%), C41T (64%), G239A (88%), G266A (92%), A268G (96%), A331G (92%), A330C (72,7%), and T336C (36,4%). The variants found in madura cattle are different from variants that showed the double muscling phenomena.

Leptin and Myostatin Genes in Aceh and Madura Cattles

Nama : Kamaliah G352090111
Pembimbing : RR Dyah Perwitasari Achmad Farajallah
Tanggal Lulus : 31 Juli 2012
Judul Thesis : Polimorfisme Gen Leptin dan Gen Miostatin pada Sapi Potong Aceh dan Madura
    Polymorphism of Leptin and Myostatin Genes in Aceh and Madura Cattles
Ringkasan    
Sapi aceh dan sapi madura merupakan sapi lokal Indonesia penghasil  daging. Produktivitas sapi potong di Indonesia saat ini masih rendah sehingga  tidak memadai untuk memenuhi kebutuhan nasional. Upaya yang dilakukan oleh  pemerintah melalui program seleksi secara konvensional memerlukan pencatatan  produksi dan reproduksi dalam jangka waktu yang lama. Pendekatan seleksi  lainnya yang lebih cepat adalah melalui penggunaan marka genetik. Gen yang  digunakan sebagai marka genetik di antaranya adalah gen leptin dan gen  miostatin. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui polimorfisme gen leptin dan  gen miostatin pada sapi aceh dan sapi madura. Penelitian ini dapat digunakan  sebagai informasi dasar untuk mendukung manajemen perkawinan sapi,  mengetahui asal usul spesies, mengetahui hubungan kekerabatan spesies, dan  identifikasi spesies di dalam produk daging campuran.  Metode yang digunakan untuk memperoleh sampel DNA dari darah  dilakukan menggunakan metode ekstraksi KIT. Amplifikasi ekson 2 gen leptin  dan ruas promotor gen miostatin dilakukan menggunakan metode Polymerase  Chain Reaction (PCR). Amplikon diuji menggunakan Gel Poliakrilamid (PAGE  6%) dan dilanjutkan dengan pewarnaan perak. Perunutan nukleotida kedua gen  dilakukan dengan metode automatic sequencing. Analisis keragaman nukleotida  dilakukan menggunakan rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan metode  Neighbour-Joining (NJ) model Kimura-2-parameter. Berdasarkan gen leptin sapi aceh mempunyai hubungan kekerabatan yang  lebih dekat dengan B. indicus haplotipe GCATC dan B. taurus, berdasarkan gen  miostatin sapi aceh mempunyai hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan B.  taurus. Berdasarkan gen leptin sapi madura mempunyai hubungan kekerabatan  yang lebih dekat dengan B. indicus haplotipe ATGCT, B. indicus haplotipe  GCATC, dan B. taurus, sedangkan berdasarkan gen miostatin sapi madura  berbeda dengan B. taurus.

Berdasarkan gen leptin sapi madura dikelompokkan ke dalam dua  haplotipe kemungkinan karena sapi madura merupakan sapi hasil hibridisasi  antara B. indicus dengan banteng. Bos indicus halotipe ATGCT mempunyai  kesamaan karakter dengan sapi liar. Hibridisasi B. indicus dengan Banteng hingga  membentuk sapi madura diperkirakan terjadi sejak masuknya kebudayaan hindu  dari India ke Indonesia sekitar 1500 tahun yang lalu. Sapi B. indicus yang dibawa  oleh bangsa India tersebut kemudian disilangkan dengan banteng yang ada di  kepulauan Madura. Hubungan kekerabatan antara sapi aceh dengan B. taurus  diperkirakan terjadi sejak dilaksanakan program Inseminasi Buatan (IB) pertama  sekali di peternakan Saree dan Indrapuri pada tahun 1972. Semen beku yang  digunakan berasal dari keturunan B. taurus.

 

Abstract    
Aceh and Madura cattles are a native Indonesian cattle as meat production.  Productivity of beef cattle in Indonesia is still low so it is not used sufficient to  supply national demand. We used leptin and miostatin genes as a genetic marker  to clustering, Marker-Assisted Selection (MAS), and marker for detection of  permissible nature (Halal) food. The aim of this study was to determine  polymorphism of Aceh and Madura cattles. This research applied sequencing  method. The reconstruction of phylogenetic tree using Neighbour-Joining method  with Kimura-2-Parameters model to analyse polymorphism. Aceh cattle based on  leptin gene was clustered into one group with Bos indicus GCATC haplotype and  Bos taurus. Aceh cattle was assembled into one group with Bos taurus based on  myostatin gene. Madura cattle had two haplotypes, one type was Bos indicus  GCATC haplotype or Bos taurus and another type was Bos indicus ATGCT  haplotype or Bos frontalis. Madura cattle based on myostatin gene different from  Bos taurus group.

[ Thesis – fulltext ]

Growth Trajectory of Body Size in Baduy People

Nama : Eneng Nunuz Rohmatullayaly G352100051
Pembimbing : Bambang Suryobroto Achmad Farajallah
Tanggal Lulus :  Mei 2012
Judul Thesis : Growth Trajectory of Body Size in Baduy People
    Lintasan Pertumbuhan dari Ukuran Tubuh Orang Baduy
Abstrak    
Mengukur ukuran tubuh adalah cara yang paling baik untuk melihat tingkat kesehatan, status nutrisi, dan kualitas hidup dari suatu populasi manusia. Banyak penduduk asli dan lokal, tersebar, dan kurang atau tidak terlibat dalam jaringan pelayanan sosial, ekonomi, dan politik, memiliki pola pertumbuhan yang spesifik. Orang Baduy adalah penduduk asli yang kurang lebih hidup terisolasi secara sosial. Pernikahan hanya dilakukan sesama Orang Baduy saja. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan lintasan pertumbuhan Orang Baduy yang meliputi wanita dan pria dengan metode cross-sectional. Ukuran tubuh Orang Baduy dapat dikategorikan kedalam populasi Pygmy. Mereka memiliki tingkat pertumbuhan yang lambat pada masa transisi dari anak-anak ke remaja, percepatan pertumbuhan yang rendah dan lama dengan tingkat pertumbuhan lebih panjang daripada masa kematangan reproduksi. Percepatan pertumbuhan yang rendah, menyebabkan ukuran tubuh kecil di masa pertumbuhan, mungkin merupakan cara menyimpan daya untuk pemeliharaan tubuh. Pertumbuhan somatik yang berkepanjangan diimbangi dengan tingkat pertumbuhan yang lambat pada masa anak-anak ke remaja dan percepatan pertumbuhan yang rendah. Orang Baduy yang lebih tua lebih dari 30 tahun, lebih pendek dan kecil dari orang yang lebih muda, hal ini menunjukkan tren sekuler.

 

Abstract    
Human life history begins from prenatal life, birth, and then growth and development into infancy, children, juvenile, adolescent, adult and senescence. Growth dominates about two decades after birth. The body height and body weight are the most commonly used anthropometric measurement in growth study. The growth pattern of body size is the best way to find out the health, nutritional status and quality of life of a population. The growth pattern researches in Indonesia are scarce in relation to hundreds of existing tribes and especially to indigenous populations. These populations are socio-cultural groups that are local, scattered, and less or not involved in the network of social services, economic, and politics. Baduy people are indigenous population, live in Kendeng Mountains, Banten Province, Indonesia.

Present study aims to determine the growth pattern of female and male of Baduy people with cross-sectional method. Total subjects were 284 females and 168 males aged 5 to 42 years. The data of body weight (kg), body height (cm), and body mass index (kg/m2) were analyzed using Generalized Additive Models for Location, Scale and Shape (GAMLSS). The median values of growths were used to calculate annual velocity. Body size of Baduy people may be categorized as pygmy according to Perry and Dominy’s definition because their average adult height is less than 160 cm. Being small body, Baduy people have similar body height to the 5th percentile of Purwakarta population. Their body weight was greater than 5th percentile but smaller than 50th percentile of Purwakarta population. On the other hand, Baduy people were consistently smaller than 5th percentile of U.S. population. Low growth spurt, which leads to small body size in the growing period, may be a saving on body-maintenance costs. On the other hand, slow growth in adolescent and short stature is related to GHR (Growth Hormone Receptor), GHBP (Growth Hormone Binding Protein), and IGF-I level. However, the level of GH and IGF-I in Baduy people remains to be measured. Prolonged somatic growth into 30 years of age proceeds well beyond reproductive maturation. This prolonged phase offset the slow growth rate at child to juvenile transition. Age at menarche of Baduy people is similar to other pygmy populations. However, age at first reproduction is slower than Pygmy populations which have early first reproduction to maximize reproductive fitness in a high-mortality environment.

Baduy people older than 30 year are shorter and smaller than younger people. Differences in body size between Baduy people separated in these three decades may suggests secular trend.

[ Thesis – fulltext ]

 

DNA Barcode of Mantis Shrimp Species Identification

Nama : Raisa Auline Syafrina      G34070108
Pembimbing : Achmad Farajallah Yusli Wardiatno
Tanggal Lulus : 6 Oktober 2011
Judul Skripsi : Penggunaan DNA Barcode sebagai Alternatif Identifikasi Spesies Udang Mantis
  DNA Barcode as an Alternative of Mantis Shrimp Species Identification
Abstrak:
Penggunaan DNA Barcode sebagai Alternatif Identifikasi Spesies Udang Mantis

Udang mantis atau yang dikenal dengan udang ronggeng merupakan salah satu anggota Subfilum Crustacea Ordo Stomatopoda, Beberapa spesies udang mantis dikenal sebagai komoditi ekspor dan makanan eksotis. Beberapa udang mantis yang bernilai ekonomi tinggi adalah anggota famili Harpiosquillidae dan Squillidae. Udang-udang mantis tersebut biasa ditangkap dari Laut Jawa dan Laut Cina Selatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengaplikasikan teknik DNA barcoding sebagai laternatif mengidentifikasi udang mantis sampai ke tingkat spesies. Sebanyak 34 sampel udang mantis berasal dari Jambi, Cirebon, dan Aceh yang digunakan adalah spesimen koleksi yang diawetkan dalam alkohol. Identifikasi spesies dilakukan berdasarkan morfologi. Ekstraksi DNA dilakukan dari otot tungkai dan ruas gen CO1 diamplifikasi sebagai ruas DNA yang dijadikan barcode. Amplifikasi gen CO1 berhasil dilakukan untuk semua sampel yang kesemuanya menghasilkan amplikon yang multiband. Perunutan nukelotida hanya berhasil dilakukan untuk tujuh sampel, yaitu Harpiosquilla harpax (Sampel No. 34 dan No. 37 asal Jambi), Harpiosquilla stephensoni (sampel No. 1 dan No. 2 asal Cirebon), dan Carinosquilla multicarinata (sampel No. 9 dan No. 11 asal Cirebon, dan No. 22 asal Aceh). Berdasarkan ruas gen CO1, C. multicarinata asal Aceh memiliki kekerabatan yang berbeda dengan C. multicarinata asal Cirebon.

 

Abstract:
Mantis shrimp or shrimp ronggeng known as a member of the Order Stomatopoda Subfilum crustaceans, some species of mantis shrimp is known as an export commodity and exotic foods. Some mantis shrimp that have high economic value are Squillidae and Harpiosquillidae family members. Mantis shrimp are usually caught from the Java Sea and South China Sea. This study aims to apply the technique of DNA barcoding as a mantis shrimp laternatif identified to species level. A total of 34 samples of the mantis shrimp come from Jambi, Cirebon, and Aceh, which is used is a collection of specimens preserved in alcohol. Species identification based on morphology. DNA extraction was conducted from leg muscle and joint CO1 gene was amplified as a DNA segment which is used as a barcode. CO1 gene amplification was successful for all samples which produce a multiband amplicons. Tracking nucleotides only successfully performed for seven samples, Harpiosquilla harpax (Sample No.. 34 and no. 37 from Jambi), Harpiosquilla stephensoni (sample No. 1 and No. 2. Cirebon origin), and Carinosquilla multicarinata (No. 9 and No. 11 from Cirebon, and No. 22 from Aceh). Based on CO1 gene segment, C. multicarinata from Aceh has a distinct kinship with C. multicarinata Cirebon origin.

[ Skripsi Lengkap – fulltext ]

 

Next Page »