Leptin and Myostatin Genes in Aceh and Madura Cattles
| Nama | : | Kamaliah G352090111 | |
| Pembimbing | : | RR Dyah Perwitasari | Achmad Farajallah |
| Tanggal Lulus | : | 31 Juli 2012 | |
| Judul Thesis | : | Polimorfisme Gen Leptin dan Gen Miostatin pada Sapi Potong Aceh dan Madura | |
| Polymorphism of Leptin and Myostatin Genes in Aceh and Madura Cattles | |||
| Ringkasan | |||
| Sapi aceh dan sapi madura merupakan sapi lokal Indonesia penghasil daging. Produktivitas sapi potong di Indonesia saat ini masih rendah sehingga tidak memadai untuk memenuhi kebutuhan nasional. Upaya yang dilakukan oleh pemerintah melalui program seleksi secara konvensional memerlukan pencatatan produksi dan reproduksi dalam jangka waktu yang lama. Pendekatan seleksi lainnya yang lebih cepat adalah melalui penggunaan marka genetik. Gen yang digunakan sebagai marka genetik di antaranya adalah gen leptin dan gen miostatin. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui polimorfisme gen leptin dan gen miostatin pada sapi aceh dan sapi madura. Penelitian ini dapat digunakan sebagai informasi dasar untuk mendukung manajemen perkawinan sapi, mengetahui asal usul spesies, mengetahui hubungan kekerabatan spesies, dan identifikasi spesies di dalam produk daging campuran. Metode yang digunakan untuk memperoleh sampel DNA dari darah dilakukan menggunakan metode ekstraksi KIT. Amplifikasi ekson 2 gen leptin dan ruas promotor gen miostatin dilakukan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Amplikon diuji menggunakan Gel Poliakrilamid (PAGE 6%) dan dilanjutkan dengan pewarnaan perak. Perunutan nukleotida kedua gen dilakukan dengan metode automatic sequencing. Analisis keragaman nukleotida dilakukan menggunakan rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan metode Neighbour-Joining (NJ) model Kimura-2-parameter. Berdasarkan gen leptin sapi aceh mempunyai hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan B. indicus haplotipe GCATC dan B. taurus, berdasarkan gen miostatin sapi aceh mempunyai hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan B. taurus. Berdasarkan gen leptin sapi madura mempunyai hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan B. indicus haplotipe ATGCT, B. indicus haplotipe GCATC, dan B. taurus, sedangkan berdasarkan gen miostatin sapi madura berbeda dengan B. taurus.
Berdasarkan gen leptin sapi madura dikelompokkan ke dalam dua haplotipe kemungkinan karena sapi madura merupakan sapi hasil hibridisasi antara B. indicus dengan banteng. Bos indicus halotipe ATGCT mempunyai kesamaan karakter dengan sapi liar. Hibridisasi B. indicus dengan Banteng hingga membentuk sapi madura diperkirakan terjadi sejak masuknya kebudayaan hindu dari India ke Indonesia sekitar 1500 tahun yang lalu. Sapi B. indicus yang dibawa oleh bangsa India tersebut kemudian disilangkan dengan banteng yang ada di kepulauan Madura. Hubungan kekerabatan antara sapi aceh dengan B. taurus diperkirakan terjadi sejak dilaksanakan program Inseminasi Buatan (IB) pertama sekali di peternakan Saree dan Indrapuri pada tahun 1972. Semen beku yang digunakan berasal dari keturunan B. taurus.
|
|||
| Abstract | |||
| Aceh and Madura cattles are a native Indonesian cattle as meat production. Productivity of beef cattle in Indonesia is still low so it is not used sufficient to supply national demand. We used leptin and miostatin genes as a genetic marker to clustering, Marker-Assisted Selection (MAS), and marker for detection of permissible nature (Halal) food. The aim of this study was to determine polymorphism of Aceh and Madura cattles. This research applied sequencing method. The reconstruction of phylogenetic tree using Neighbour-Joining method with Kimura-2-Parameters model to analyse polymorphism. Aceh cattle based on leptin gene was clustered into one group with Bos indicus GCATC haplotype and Bos taurus. Aceh cattle was assembled into one group with Bos taurus based on myostatin gene. Madura cattle had two haplotypes, one type was Bos indicus GCATC haplotype or Bos taurus and another type was Bos indicus ATGCT haplotype or Bos frontalis. Madura cattle based on myostatin gene different from Bos taurus group. | |||