Selamat Tahun Baru 2014

Dosen Departemen Biologi dalam rangka menyambut Tahun Baru 2014dosen_bio_2014Januari

Kiri bawah: Dr. Rita M, Dr. Yulin L, Dr. Dorly, Dr. Tatik C, Dra Taruni S Prawasti MSi, Dra Hilda MSi, Prof Nisa R, Dr. Triadiati, Dr. Kanthi AW, Dr. Utut W, Dr. Gayuh R dan Prof Anja M.
Tengah kiri: Dr. Nunik SA, Dr. Nampiah S, Dr. Rika R, Dr. Sulistijorini, Dr. Ence DJS, Dr. Bambang S, Prof Alex H, Dr. Dedy D, dan Dr. Berry J.
Atas kiri: Dr. Tri A, Dr. A Farajallah, Prof Antonius S, Prof Suharsono, Dr. Aris Tj, Dr. Miftahudin, Ir. Hadi S MSi, Dr. I Qayim dan Dr. Iman R

============================

Sivitas Akademika Zoocorner yang terdiri atas  dosen, mahasiswa dan teknisi berfoto bersama dalam rangka menyambut Tahun Baru 2014

002

Kolokium Elly Widyas Ningsih G34100114

Elly Widyas Ningsih (G34100114), Achmad Farajallah, Sulistijorini. 2013. Analisis Vegetasi Padang Penggembalaan Domba terhadap Infestasi Cacing pada Domba di Kabupaten Majalengka, Jawa Barat. Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB, 28 November 2013

 

PENDAHULUAN

Domba (Ovis aries; Bovidae) di Pulau Jawa dikelompokkan menjadi tiga, yaitu domba ekor tipis (DET) atau domba lokal, domba ekor gemuk (DEG), dan domba Priangan atau domba Garut (Mason 1980; Adjisoedarmo et al. 1984). Domba merupakan sumber protein penting di Indonesia sekelas sapi dan ayam. Hal tersebut terlihat dari jumlah populasi ternak domba pada tahun 2012 mencapai 13,4 juta ekor, dengan populasi terbesar di Jawa Barat mencapai lebih dari 8 juta ekor (Direktorat Jenderal Peternakan 2012). Sebagaimana ternak lainnya di daerah tropis basah, dalam saluran pencernaan domba bisa ditemukan beragam jenis cacing. Cacing parasit bisa menghambat pertumbuhan domba dan pada kondisi tertentu akan menyebabkan kematian. Beberapa jenis cacing yang diketahui menginfeksi saluran pencernaan domba adalah Capillaria sp., Trichuris sp., Strongyloides papillosus, Skrajabinema sp., Dicrocoelium dendriticum, Nematodirus sp., Fasciola hepatica, Protostrongylus sp., Dictyocaulus filaria, Moniezia expansa, Thysanosoma actinoides, dan Muellerius capillaris (Zajac dan Conboy 2012).

Salah satu faktor yang mempengaruhi infestasi cacing pada domba ialah pakan. Domba di peternakan rakyat Kecamatan Jati Tujuh, Kabupaten Majalengka, Jawa Barat dipelihara dengan cara digembalakan. Pada musim kemarau, domba biasanya digembalakan di sawah, sedangkan apabila musim tanam padi tiba, domba digembalakan di kebun tebu milik salah satu perusahaan gula. Ternak domba tersebut hanya mengkonsumsi pakan hijauan alami. Menurut Fachrul (2007), masyarakat tumbuhan yang terbentuk oleh berbagai populasi jenis tumbuhan yang terdapat di dalam satu wilayah atau ekosistem serta memiliki variasi pada setiap kondisi tertentu disebut vegetasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan komposisi jenis tumbuhan pada suatu padang gembalaan dengan keberadaan cacing pada domba di peternakan rakyat Kecamatan Jati Tujuh, Kabupaten Majalengka, Jawa Barat.

 

BAHAN DAN METODE

Waktu dan Tempat

Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Oktober 2013 sampai dengan bulan Maret 2014 di padang penggembalaan domba di Kecamatan Jati Tujuh, Kabupaten Majalengka dan bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan Departemen Biologi, FMIPA IPB.

 

Metode

Tingkat infestasi cacing pada domba akan dilakukan dengan menghitung jumlah telur cacing yang ada di feses (FEC, Faecal Egg Counting). Domba tergolong infeksi ringan apabila jumlah telur cacing berkisar 5-500 buah/g; sedang 500-2000 buah/g; dan berat diatas 2000 buah/g.

Pengambilan Sampel Feses. Feses diambil dengan cara faecal swapped from anus. Kisaran umur domba ditentukan dengan metode judging dan bertanya kepada penggembala.

Preparasi Sampel. Sampel dipreparasi dengan dua cara, yaitu dengan metode pengapungan dan sedimentasi.

Pengapungan. Sebanyak 2 gram feses digerus dan ditambahkan garam jenuh sebanyak 60 mL, dihomogenisasi, dan didiamkan selama 5 menit. Cairan yang berada di permukaan diambil menggunakan pipet tetes, dan diletakkan di atas gelas objek (modifikasi McMaster) (Whitlock 1948) lalu diamati di mikroskop.

Sedimentasi. Sebanyak 10 mL formalin 10% ditambahkan pada sekitar 1 gram feses, kemudian diaduk sampai homogen. Campuran kemudian disaring dengan kain kasa dan dimasukkan ke dalam tabung hingga volume mencapai 7 mL. Lalu ditambahkan etil asetat sebanyak 3 mL dan disentrifuse selama 1 menit dengan kecepatan 2700 rpm. Campuran dipindahkan kembali ke dalam tabung sentrifuse lain dan disentrifuse selama 1 menit dengan kecepatan rendah. Bagian sedimen diambil dan diletakkan di atas gelas objek, lalu diamati di mikroskop.

Identifikasi Telur. Telur yang diperoleh diidentifikasi berdasarkan Zajac dan Conboy (2012) dan Soulsby (1982).

Analisis Vegetasi. Analisis dilakukan dengan membuat plot berukuran 2 x 2 meter, minimal sebanyak 6 plot. Plot tersebut ditentukan dengan mengikuti jelajah domba selama kurang lebih 3 jam. Setiap plot dilakukan inventarisasi jenis dan jumlah tumbuhan. Selain itu beberapa kondisi lingkungan mikro akan direkam. Tumbuhan dijadikan herbarium untuk memudahkan identifikasi. Tumbuhan yang diperoleh diidentifikasi berdasarkan Van Steenis (1988). Pengukuran iklim mikro dilakukan menggunakan alat 4 in 1 climate detector.

 

DAFTAR PUSTAKA

Adjisoedarmo S, Purnomo B, Marmono EA. 1984. Analisa genetik karakteristik pertumbuhan sebelum disapih domba bercak hitam Jawa Tengah. Pertemuan Ilmiah Penelitian   Ruminansia Kecil = Mtg; 1983 Nov 22-23; Bogor, Indonesia. Bogor (ID): Pusat Penelitian dan Pengembangan Peternakan. Hlm 163-166.

[Ditjenak] Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan. 2013. Statistik Peternakan dan      Kesehatan Hewan 2013. Jakarta (ID): Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan   Hewan Kementerian Pertanian RI.

Fachrul MF. 2007. Metode Sampling Bioekologi. Jakarta (ID): Bumi Aksara.

Mason IL. 1980. Prolific Tropical Sheep. Rome (IT): Agriculture Organization of United       Nations.

Soulsby EJL. 1982. Helminths, Arthropods, and Protozoa of Domesticated Animals (Mönnig).    Ed ke-7. New York (US) and London (GB): Academic Press.

Van Steenis CGGJ. 1998. Flora: untuk sekolah di Indonesia. Surjowinoto M, penerjemah. Jakarta (ID): PT Pradnya Paramita.

Whitlock HV. 1948. Some modifications of the McMaster helminth egg counting technique and       apparatus. J Counc Sci Ind Res. 21:177-180.

Zajac AM, Conboy GA. 2012. Veterinary Clinical Parasitology. Ed ke-8. Oxford (GB): John   Wiley & Sons, Inc.

Hukum Mendel dan problematiknya

Setelah Tulisan Tuan Mendel banyak yang membenarkan maka segera itu pula banyak yang menolaknya. Sebagian besar penolakannya kemudian diberi fasilitas “penyimpangan Hukum Mendel”. Walaupun istilah ini kurang tepat, tetapi kelompok yang menolak Hukum Mendel bisa memahaminya. Sebagian yang lain menolaknya karena menganggap data Tuan Mendel terlalu sempurna yang menerbitkan kecurigaan.
Fasilitas “penyimpangan hukum Mendel” sebenarnya masih relevan dengan Hukum Mendel itu sendiri. Dari hasil pengamatan beberapa sifat tertentu Mendel membuat hipotesis bahwa bahwa setiap sifat yang muncul dikendalikan oleh suatu faktor; dalam satu tanaman kacang kapri, terdapat sepasang faktor yang saling terpisah (Misal: sifat warna bunga ungu dikendalikan oleh faktor ungu dan faktor putih); ada hubungan dominan-resesif antar pasangan faktor. Hipotesis tsb ternyata terbukti dari percobaan Mendel sehingga memunculkan Hukum Mendel,
Pertama: pada waktu pembentukan gamet, faktor-faktor dari sepasang faktor suatu sifat bersegregasi (berpisah)
Kedua: Pada waktu pembentukan gamet F1, masing-masing faktor dari sifat pertama (Y atau y) akan Berpadu Bebas dengan masing-masing faktor dari sifat kedua (R atau r)
Faktor yang dilambangkan dengan huruf besar disebut sebagai faktor yang dominan atau yang muncul sebagai sifat. Pada saat ini diketahui bahwa yang disebut faktor oleh Mendel adalah gen, dan pasangan faktor adalah pasangan alel.
Dalam setting percobaan yang dilakukan oleh Tuan Mendel dan kemudian banyak dibuktikan pada berbagai organisme yang lain ternyata fenomena alam yang dikemukakan dalam Hukum Mendel terbukti. Sampai kemudian ada yang menemukan fenomena bahwa hubungan antar alel tidak hanya dominan-resesif, melainkan ada juga yang dominan tidak penuh. Pada organisme lain juga ditemukan adanya hubungan antar alel yang tidak mengikuti hipotesis dominan-resesif, karena keduanya sama-sama dominan yang dikenal sebagai kodominan. Selain itu, ada juga pleitropi, epistasis, poligen, pautan dan pindah silang. Artinya Hukum Mendel nya masih tetap berlaku tetapi sifat yang muncul (fenotipe)nya membutuhkan keterangan tambahan sehingga disederhanakan disebut sebagai “penyimpangan Hukum Mendel”.
Berkat Hukum Mendel, beragam teknologi bermunculan dengan pesat hanya dalam rentang waktu kurang dari 30 tahun, terutama yang ada dalam ranah “pemuliaan tanaman” ataupun “pemuliaan hewan”. Sampai sekarang pun, beragam cara untuk mengidentifikasi gen-gen yang mengendalikan suatu sifat unggul pada beragam organisme masih terus dilakukan. Sejalan dengan itu, beragam cara mengajarkan Hukum Mendel dan implikasinya dalam “membuat tanaman/hewan” unggul terus juga dilakukan. Hal ini tentunya semakin mempercepat munculnya galur-galur ataupun varietas-varietas baru, baik tanaman maupun ternak.

….eng…ing eennnggg…

– ada aja yang ketakutan karena dianggap sudah mengintervensi kekuasaan Tuhan dalam menciptakan mahluk hidup…
– muncul kalimat senda-gurau bagi jombloers …kalo mau memperbaiki keturunan pilih yang indo aja…
– Dominansi maskulin, yi sifat-sifat unggul datangnya dari jantan
– Ternyata tidak semua organisme itu bersifat diploid, ada juga yang haploid, triploid dan multiploid.
– Tidak semua perkembangbiakan organisme dilakukan secara kawin (seksual), tetapi ada yang partenogenetik, ada yang fragmentasi, ataupun pembentukan tunas
– Ada protandri dan pergantian jenis kelamin mengikuti umur, mengikuti musim atau karena interfensi lingkungan
– Ada interfensi manusia mengembangbiakkan tanaman/hewan, misal: mencangkok, kultur jaringan, kultur protoplas, inseminasi buatan

– ada teknologi inseminasi buatan yang sebelumnya dilakukan penyeleksian kromosom (seks), penggantian  mitokondria,
– Ada genom selain inti yang juga mengendalikan sifat, yaitu mitokondria

dan terakhir:
– Ada fenomena epigenetik, yaitu munculnya suatu sifat tidak semata-mata karena adanya gen melainkan karena adanya interaksi dengan lingkungan

Diversity of Freshwater Shrimp In Jambi

Nama : Lora Purnamasari G352110011
Pembimbing : Achmad Farajallah Daisy Wowor
Tanggal Lulus : 11 Nopember 2013
Judul Thesis : Keanekaragaman Udang Air Tawar Di Berbagai Tipe Habitat, Jambi
Diversity of Freshwater Shrimp In Several Habitat, Jambi
Ringkasan :
Udang air tawar Indonesia terdiri atas suku Atyidae dan Palaemonidae dari ordo Dekapoda. Udang air tawar berperan penting secara ekologis dan ekonomis. Faktor pembatas utama yang mempengaruhi keberadaan jenis udang air tawar antara lain karakteristik habitat, riparian dan kualitas lingkungan.

Provinsi Jambi termasuk daerah dengan hutan hujan tropis dataran rendah yang mengalami deforestasi tercepat di daerah Asia. Kondisi tersebut dikhawatirkan dapat menyebabkan terjadinya ketidakseimbangan ekosisitem sungai yang akan mempengaruhi penurunan keanekaragaman jenis udang air tawar.

Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari keanekaragaman udang air tawar pada sungai yang terdapat di kebun kelapa sawit, kebun karet, hutan rakyat dan hutan sekunder dalam kaitannya dengan alih fungsi lahan.

Dalam mengindentifikasi secara morfologi tidak terlepas dari kemungkinan kesalahan peneliti. Kesalahan identifikasi morfologi dapat disebabkan oleh fenomena cryptic spesies maupun sibling spesies. Fenomena tersebut dapat menyebabkan masalah sinonim yaitu terdapat nama ganda pada satu spesies atau sebaliknya. DNA barcode berfungsi untuk mengklarifikasi jenis udang air tawar. Gen yang digunakan yaitu COI, merupakan salah satu gen dalam genom mitokondria(mtDNA) yang sekuennya biasa digunakan sebagai barcode.

Koleksi sampel di lakukan di dua lokasi, lokasi satu pada sungai-sungai yang terdapat di Kabupaten Batanghari, dan lokasi dua sungai yang terdapat di Kabupaten Sarolangun. Penagambilan sampel dilakukan di empat tipe habitat, yaitu kebun kelapa sawit, kebun karet, hutan rakyat, dan hutan sekunder. Penentuan lokasi sampel secara purposive dilanjutkan dengan road sampling. Pengambilan sampel menggunakan hand net dan bubu. Identifikasi specimen berdasarkan Wowor et al. 2004 dan Cai et al. 2007. Faktor lingkungan yang diukur yaitu kecepatan arus, kedalaman sungai, kecerahan, pH, suhu, dan tipe substrat. Data udang air tawar dianalisis dengan menghitung keanekaragaman, dan kemerataaan. Hubungan jumlah individu dengan habitat dianalisis dengan Uji Kruskal Walis non parametric dan uji Multiple Comparisons. Hubungan faktor lingkungan terhadap jenis udang air tawar mengunakan Canonical Corespondance Analysis melalui software R. Indeks keanekaragaman dihitung menggunakan program Primer 5. Analisa kesaaman pada masing-masing habitat di analisi dengan Bray-Curtis melalui software R. Indeks keanekaragaman dihitung menggunakan program Primer 5.

Pada penelitian ini diperoleh 6 jenis udang air tawar, yaitu Macrobrachium malayanum, M. pilimanus, M. lanchesteri, Caridina malayensis, C. propinqua, C. excavatoides. Macrobrachium malayanum banyak diperoleh pada perairan yang memiliki arus deras maupun arus lambat, M. pilimanus diperoleh pada habitat yang memiliki arus deras, dan berbatu, sedangkan M. lanchesteri banyak diperoleh pada air tidak mengalir, kolam, dan rawa. Caridina malayensis, C. propinqua, C. excavatoides. diperoleh pada sungai yang memiliki tumbuhan air. Berdasarkan analisis Kruskal Wallis non parametric tidak adanya perbedaan nyata pengaruh alih fungsi lahan terhadap jumlah individu pada masing-masing tipe habitat pada lokasi satu maupun dua. Setelah dianalisis lebih lanjut dengan uji Multiple Comparisons terlihat perbedaan pada masing-masing habitat dalam mempengaruhi atau tidak terhadap jumlah individu.

Berdasarakan analisa Canonical Corespondance Analysis pada loaksi satu fakor lingkungan yang mempengaruhi distribusi Macrobrachium lanchesteri yaitu ketinggian, lebar dan pH. Faktor lingkungan yang mempengaruhi distribusi Caridina malayensis, C. excavatoides dan C. propinqua yaitu suhu dan pH. Faktor yang mempengaruhi distribusi jenis M. pilimanus dan M .malayanum adalah kecepatan arus dan kecerahan. Pada lokasi dua faktor lingkungan yang mempengaruhi distribusi M.  malayanum yaitu pH dan suhu. Faktor lingkungan yang mempengaruhi distribusi M. lanchesteri adalah pH dan kecerahan. Faktor lingkungan tidak berpengaruh secara langsung terhadap distribusi M. pilimanus.

Berdasarkan analisa Bray-Curtis menunjukkan pada lokasi satu, lahan pertanian monokultur disatu kelompok, karena memiliki kondisi yang seragam sehingga jumlah individu yang ditemukan hampir sama. Pada lokasi dua, terdapat dua kelompok besar, yaitu hutan rakyat dan kebun karet di satu kelompok, sedangkan kebun sawit dan hutan sekunder di satu kelompok.

Indeks keanekaragaman di lokasi satu tertinggi yaitu terdapat di habitat kebun kelapa sawit(1.148), sedangkan indeks kemerataan tertinggi di habitat hutan rakyat (0.934). Indeks keanekaragaman dilokasi dua tertinggi terdapat di habitat hutan sekunder (0.699), sedangkan indeks kemerataan tertinggi di habitat hutan rakyat (0.609).

Berdasarkan analisis DNA barcode penelitian ini berhasil mengkarakterisai gen COI sebesar 446 pb dari kedua sampel yaitu Macrobrachium malayanum dan M.pilimanus. Jarak genetik berdasarkan COI berkisar anatara 21.8% sampai 29.7% . Jarak genetic menghasilkan kekerabatan yang diilustrasikan melalui pohon filogeni. Pohon filogeni terdapat dua klad besar mengelompok.

Summary :
Freshwater shrimp Indonesia consists of Familyl Atyidae and Palaemonidae from ordo decapoda. Shrimp has important role ecologicaly and economicaly. The  factors of main barrier in influencing the presence of freshwater shrimp species include habitat characteristics, riparian and environmental quality.

Jambi province, including areas with lowland tropical rainforest is highest deforestation in the Asian region . The condition is feared could lead to an imbalance that will affect the river ecosystem decline in species diversity of freshwater shrimp.

The purpose of this research is to study the diversity of awar water on the river prawns contained in palm oil plantations, rubber plantations, community forests and secondary forests in relation to land use change.

Morphologically identification errors occurred due to the phenomenon of cryptic or siblings species. Both of them could cause problems on synonym that are multiple names on one species or vice versa.. DNA barcoding serves to clarify the types of freshwater shrimp . Used the COI gene, is one of the genes in the mitochondrial genome ( mtDNA ) is sekuennya commonly used as a barcode .

The shrimp were colelected from two locations, one at the location of the rivers that are in Batanghari, and the location of the two rivers located in Sarolangun. Collection freshwater shrimp were conducted in four habitat types i.e oil palm plantations, rubber plantations, community forests, and secondary forests. Determining the location of the purposive sample continue by using road sampling. Sampling using a hand net and fish traps. Specimen identification based Wowor et al . 2004 and Cai et al ., 2007. Water quality measured was pH, temperature, brightness, depth, velocity, and substrate. Data were analyzed with freshwater shrimp diversity index (Shanoon Wiener), and eveness index (Pielou’s). Relationship with the of individuals analyzed habitat with non-parametric Kruskal Walis and Multiple Comparisons test . Relationship of environmental factors on freshwater shrimp species corespondance Canonical Analysis using software through R. Diversity index were calculated using Primer 5 program. Similarity analysis of each habitat in the Bray Curtis analysis through software R. Diversity indices were calculated using Primer 5 program .

There were six spesies of freshwater shrip found, i.e Macrobrachium malayanum, M. pilimanus, M. lanchesteri, Caridina malayensis, C. propinqua, C. excavatoides. Macrobrachium malayanum obtained in slow flowing and fast flowing, M. pilimanus obtained in habitats fast flowing and substrate rocky, while M. lanchesteri obtained in habitat open country, water is not flowing, ponds and swaps. Caridina malayensis, C. propinqua, C. excavatoides. obtained on the river that has water plants. Based on Kruskal Wallis non-parametric analysis no significant differences influence conversion land toward individuals in each habitat type in one or two locations. Upon further analysis with Multiple Comparisons test looks at the difference in their respective habitats or not influence of the number of individuals

Corespondance Canonical Analysis Based on the analysis on the factor location environment that affects the distribution of Macrobrachium lanchesteri i.e altitude, depth and pH. Environmental factors affecting the distribution of Caridina malayensis, C. excavatoides and C. propinqua ie temperature and pH. Factors affecting the distribution of M. pilimanus and M .malayanum is the velocity and brightness . On location two environmental factors affecting the distribution of M. malayanum ie pH and temperature. Environmental factors affecting the distribution of M. lanchesteri is pH and brightness. Environmental factors do not directly affect the distribution of M. pilimanus .

Bray-Curtis analysis based on the location of the show, on the one land monoculture farming groups, as it has a uniform shape so that of individuals found nearly equal. At two locations, there are two major groups, secondary forests and rubber plantations in one group, while oil palm plantations and secondary forests in the group .

Index at the location of the highest diversity is found in oil palm plantation habitats(1,148 ), while the highest evenness index in community forest 0934 ). Diversity index of the location of the two highest in the secondary forest 0.699 ), while the highest evenness index in community forest habitat( 0609 )

Based on the analysis of DNA barcoding study is successful caracterize COI gene were 446 bp of the second sample of Macrobrachium malayanum and M. pilimanus. The genetic distance based COI were range 21.8 % up to 29.7 % .Genetic distance gene sequences generated relatedness as shown in phylogenetics tree. Phylogeny tree there are two major klad clustered

The Diversity of Freshwater Crab in Jambi

Nama : Vendi Eko Susilo G352110071
Pembimbing : Achmad Farajallah Daisy Wowor
Tanggal Lulus : 6 Nopember 2013
Judul Thesis : Keanekaragaman Kepiting Air Tawar (Crustacea: Decapoda: Brachyura) Di Propinsi Jambi
The Diversity of Freshwater Crab (Crustacea Decapoda: Brachyura) in the Regencies of Batanghari and Sorolangun, Jambi Province
Ringkasan :
Kepiting air tawar merupakan anggota kelompok Ordo Decapoda, Sub Ordo Brachyura. Kepiting air tawar dapat ditemukan di seluruh badan perairan sungai mulai dari dataran rendah sampai pegunungan. Keanekaragaman kepiting air tawar terus mengalami penurunan yang disebabkan oleh perubahan-perubahan kondisi habitat. Provinsi Jambi merupakan daerah dengan tingkat laju pembalakan hutan yang sangat tinggi dibandingkan dengan daerah Asia yang lain. Pembalakan hutan menyebabkan terjadinya fragmentasi habitat yang berdampak pada perubahan susunan dan komposisi biota, baik biota darat maupun perairan tawar. Penelitian ini dilakukan untuk mempelajari keanekaragaman kepiting air tawar di Kabupaten Batanghari dan Sorolangun Jambi pada beberapa tipe habitat.

Penelitian dilakukan di Kabupaten Batanghari dan Sorolangun pada sungai yang ada pada habitat kebun karet, kebun kelapa sawit, hutan rakyat dan hutan sekunder. Koleksi spesimen menggunakan hand net dan bubu. Sampel yang berhasil diperoleh kemudian diawetkan dalam alkohol 70%. Selain itu beberapa fakor lingkungan yang diamati adalah ketinggian (m), kecerahan (m), kecepatan arus (m/s), suhu (°C), kedalaman (m), lebar (m), pH dan tipe substrat sungai.

Di Kabupaten Batanghari dan Kabupaten Sorolangun didapatkan 5 spesies kepiting air tawar, yaitu Parathelphusa tridentata, P. batamensis, P. maindroni, P. maculata dan Geosesarma sp. Berdasarkan analisa gen COI mitokondria, P. batamensis dan P. maindroni memiliki perbedaan nukleotida sebesar 1.45% (8 nt).

Di Kabupaten Batanghari, faktor lingkungan yang mempengaruhi distribusi P. batamensis adalah pH, suhu dan lebar sungai, sedangkan untuk P. maculata, P. tridentata, dan Geosesarma sp adalah kedalaman; P. maindroni adalah ketinggian dari permukaan laut. Sedangkan, di Kabupaten Sorolangun, faktor lingkungan yang mempengaruhi distribusi Geosesarma sp dan P. maculata adalah kecepatan arus, P. batamensis dan P. tridentata adalah kedalaman dan kecerahan, dan untuk P. maindroni adalah ketinggian dari permukaan laut.

Keanekaragaman kepiting air tawar tertinggi terdapat pada habitat hutan rakyat baik yang terdapat di Kabupaten Batanghari maupun Kabupaten Sorolangun. Sedangkan keanekaragaman kepiting air tawar terendah terdapat pada habitat kebun kelapa sawit  di Kabupaten Sorolangun.

Struktur komunitas kepiting air tawar di Kabupaten Batanghari dan Sorolangun berbeda di setiap habitat. Parathelphusa batamensis ditemukan pada semua tipe habitat di Kabupaten Batanghari dan Sorolangun.

Hasil analisa uji statistik Multiple Comparisons menunjukkan bahwa di Kabupaten Batanghari jumlah individu yang ditemukan di hutan rakyat dan di kebun kelapa sawit sangat berbeda (P<0.01), begitu juga dengan yang ditemukan di hutan rakyat dan kebun karet. Di Kabupaten Sorolangun, jumlah individu kepiting antara yang ditemukan di kebun karet dan di hutan sekunder sangat berbeda (P<0.001).

Summary :
Freshwater crabs are members of the order Decapoda, sub order Brachyura. They can be found in all freshwater bodies. They can also adapt to semi-terrestrial and terrestrial environments. The diversity of freshwater crabs has declined due to habitat changes. Jambi province is an area with high deforestation rate compared to other Asian regions. The deforestation causes habitat fragmentation which alters the biota composition, both terrestrial and aquatic biota. The aims of this study were to study the diversity of freshwater crab in the Regencies of Batanghari and Sorolangun of Jambi in several habitats type.

The study was conducted in rubber plantations, oil palm plantations, community forests and secondary forests located at the Regencies of Batanghari and Sorolangun. The specimens were collected by using hand net and fish trap which were preserved in 70% alcohol. The environmental factors observed were altitude (m), brightness (m), velocity (m/second), temperature (°C), depth (m), width (m), pH and substrate type.

In Batanghari and Sorolangun Regency, was found 5 species of freshwater crabs that consisted of Parathelphusa tridentata, P. batamensis, P. maindroni, P. maculata and Geosesarma sp. through morphological identification. Based on mitochondrial COI gene analysis, P. batemensis and P. maindroni have nucleotide difference 1.45% (8 nt).

In Batanghari Regency, the environmental factors affecting the distribution of P. batamensis were pH, temperature and width of the river, while the distribution of P. maculata, P. tridentata, and Geosesarma sp was affected only by depth; and P. maindroni was altitude. In Sorolangun Regency, the environmental factors affecting the distribution of Geosesarma sp and P. maculata were velocity, the distribution of P. batamensis and P. tridentata was affected by depth and brightness, while the distribution of P. maindroni was influenced by altitude.

The highest freshwater crab diversity was found in community forest of both regencies. The lowest freshwater crab diversity was found in oil palm plantation  habitat in Sorolangun Regency.

The community structure of freshwater crab in Batanghari and Sorolangun Regencies was different in each habitat. Parathelphusa batamensis was found in all habitat types in both regencies.

The results of the Multiple Comparisons test showed that In Batanghari Regency there were differences in number of individual crab among community forest and oil palm plantation  (P<0.01), as well as at community forest and rubber plantation. In Sorolangun Regency, the number individual of crabs among rubber plantation and secondary forest (SF) were significantly different (P<0.001).

Molecular Identification of Tadpoles in Java

Nama : Luthfia Nuraini Rahman  G352100031
Pembimbing : Achmad Farajallah Mirza Dwi Kusrini
Tanggal Lulus :  
Judul Thesis : Deskripsi morfologi, identifikasi molekular dan posisi filogeni berudu di Pulau Jawa berdasarkan gen 12SrRNA dan 16SrRNA
    Morphological Description, Molecular Identification and Phylogenetic Relationship of Tadpoles in Java Island Based on 12S rRNA and 16S rRNA Genes
Abstract    
Within life cycle of frogs, larval phase is the most difficult phase to identify, as well as an important phase in the development of Anuran. This study aims to identify tadpoles using morphological and molecular characteristics and to assess the phylogenetic of Anuran in Java Island based on tadpoles. Molecular phylogenetic relationship of tadpoles was estimated using 1362 bp of sequences from the 12S and 16S rRNA genes. Morphological characteristics showed that tadpole samples (N=94) were differentiated to 17 species in 6 families. Based on molecular characteristics there are high similiarty between O. hosii and L. hasseltii, and between F. limnocharis and F. iskandari. Anuran as monophyletic group was well-supported except for Rhacophorid based on 12S rRNA gene. Based on 12S and 16S rRNA genes P. aspera was more closely related to of B. japonicus, while F. limnocharis was more closely related to F. iskandari based on 12S, 16S and 12S-16S rRNA genes.

[ Thesis – fulltext ]

Lama Studi Di Program Studi Biologi FMIPA IPB

Berdasarkan desain kurikulum Program Studi Biologi Fakultas MIPA Institut Pertanian Bogor, program Sarjana Biologi dengan beban 144 SKS bisa diselesaikan paling cepat 7 Semester lebih 1 bulan. Kelebihan 1 bulan adalah untuk seminar dan ujian akhir atau ujian skripsi. Jika lebih cepat dari 3.5 tahun maka akan banyak menabrak peraturan akademik yang sudah disepakati. Dalam semester 1 dan 2, semua mahasiswa di IPB mengambil mata kuliah dasar yang disebut dengan Tingkat Persiapan Bersama. Perkuliahan PS Biologi ada di semester 3 sampai 7. Dalam kondisi normal, semester 8 adalah waktu untuk menyelesaikan tugas akhir, yaitu belajar melakukan penelitian, menuliskannya dalam bentuk skripsi dan ujian akhir. Ujian akhir ini adalah dalam rangka mempertahankan beragam logika dan teori yang ditulis mahasiswa dalam skripsi. Dalam beberapa kondisi khusus maka pelaksanaan penelitian bisa dilakukan di pertengahan semester 7. Kondisi khusus yang dimaksud adalah kombinasi antara kemauan mahasiswa, ketersediaan topik penelitian dan sifat dasar penelitian (yaitu apakah penelitian di lapang, penelitian di laboratorioum atau konbinasi keduanya).

Tabel_lamastudi

Dalam 5 tahun terakhir, lama studi di PS Biologi IPB terus mengalami penurunan. Lama studi mahasiswa angkatan 42 (masuk tahun 2005) adalah 57.6 bulan dan lama studi mahasiswa angkatan 45 (masuk tahun 2008) adalah 53.12 bulan. Tahun 2013, angkatan mahasiswa yang lulus adalah dari angkatan 46. Pada angkatan ini tercipta rekor lama studi yang paling cepat, yaitu 43 bulan atau 3 tahun 7 bulan. Lama studi 43 bulan itu bisa dicapai pada bulan pertama di semester 8.

Data sampai bulan Desember 2013, dari 96 mahasiswa angkatan 46 (tahun masuk 2009) yang sudah menyelesaikan studinya telah mencapai 51 mahasiswa atau 53%. Yang menarik dari alumni baru tsb, 5 mahasiswa langsung melanjutkan kuliah S2 melalui program fastrack dan 16 mahasiswa sudah diterima bekerja (waktu tunggu

Jumlah Mahasiswa IPB Berdasarkan Jalur Masuk

Sebagaimana tradisi IPB, jalur masuk melalui undangan mendominasi mahasiswa yang diterima di IPB, yaitu mencapai 66%. Selebihnya, melalui jalur Ujian (16%) dan jalur UTM (10%) (Tabel 2). Jalur masuk melalui SNMPTN Undangan mulai diberlakukan pada penerimaan tahun 2011.

Tabel2

Tabel 2 diatas kurang bisa memberikan gambaran bagaimana bertindak dan mengatur strategi memilih PT bagi siswa SMA. Tabel diatas adalah akibat “kebijakan” internal IPB dalam menjaring calon mahasiswanya. Data dalam Tabel 3 adalah perincian jumlah mahasiswa yang masuk ke IPB berdasarkan urutan pilihan. Yang menarik dari Tabel 3 adalah mahasiswa yang memilih IPB sebagai pilihan 1 maupun pilihan 2 mempunyai peluang yang sama untuk bisa diterima melalui SNMPTN Ujian. Peraturan Menteri Pendidikan menyatakan bahwa 80% mahasiswa baru suatu PT wajib diseleksi melalui jalur SNMPTN Undangan. Dengan begitu, bisa diduga bahwa fungsi SNMPTN Ujian adalah sebagai alat bagi suatu PT untuk bisa mencapai angka 80% tersebut.

Tabel3

sumber: http://www.tpb.ipb.ac.id/tpb-dalam-angka

Calon Mahasiswa yang Melamar ke IPB

Jumlah calon mahasiswa baru yang dipanggil oleh IPB sekitar 30% dari jumlah pelamar (Tabel 1). Sekitar 10% dari calon mahasiswa yang dipanggil biasanya tidak memenuhi panggilan dengan berbagai alasan. Dua alasan yang sering ditemukan adalah masalah biaya dan si pelamar sudah diterima di PT lain. Setelah ada Beasiswa Bidik Misi mulai tahun 2010, jumlah mahasiswa yang memenuhi panggilan IPB semakin meningkat. Pada penerimaan tahun 2012, hanya 1% dari mahasiswa yang diundang yang tidak memenuhi undangan.

Tabel1

Pada penerimaan tahun 2011 berlaku kebijakan nasional tentang penerimaan mahasiswa secara terpadu yang dikenal dengan SNMPTN. Sistem ini adalah modifikasi dari sistem undangan berdasarkan nilai rapor SMA yang disebut dengan SNMPTN Undangan. Bagi yang tidak diundang kemudian diberi kesempatan untuk mengikuti ujian seleksi yang dilakukan bersama oleh berbagai PT yang disebut dengan SNMPTN Ujian. Setelah keduanya, calon mahasiswa masih diberikan kesempatan untuk mengikuti ujian seleksi yang dilakukan secara mandiri oleh setiap PT. Untuk IPB, ujian ini disebut dengan Ujian Talenta Mandiri atau UTM.

Pada awal diberlakukannya model SNMPTN, calon mahasiswa langsung menyerbu PT-PT unggulan selain IPB. Hal ini bisa dilihat bahwa jumlah pelamar ke IPB pada masa penerimaan tahun 2005-2011 tidak terlalu banyak berubah. Baru kemudian, penerimaan tahun 2012 yang melamar ke IPB meningkat pesat.

sumber: http://www.tpb.ipb.ac.id/tpb-dalam-angka

Categorization in Macaca fascicularis

Nama : Kanthi Arum Widyastuti G362070051
Pembimbing : Bambang Suryobroto Akichika Mikami Achmad Farajallah
Tanggal Lulus : 25 Januari 2012
Judul Disertasi : Categorization in Macaca fascicularis
  Kemampuan kategorisasi Macaca fascicularis
Ringkasan:
Kategorisasi adalah kemampuan seseorang untuk mengelompokkan individu-individu atau kejadian-kejadian ke dalam kelompok yang berbeda. Kemampuan kategorisasi didukung oleh konsep yang dibentuk di otak. Ada beberapa tingkat kategorisasi. Pada tingkat yang paling dasar, semua anggota kelompok memiliki banyak persamaan ciri fisik dibandingkan dengan kelompok lainnya. Semakin tinggi tingkat kategorisasi, persamaan ciri fisik di antara anggota kelompok semakin sedikit. Selain manusia, hewan diduga juga memiliki kemampuan kategorisasi. Salah satu contoh kategorisasi adalah diskriminasi spesies hewan yang berbeda. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan diskriminasi spesies pada Macaca fascicularis. Monyet ini memiliki kemampuan untuk melihat foto sebagai representasi dari benda sebenarnya. Penelitian ini menggunakan stimulus berupa foto-foto wajah dari manusia dan hewan dengan metode matching-to-sample task. Saya melakukan tiga eksperimen utama. Pertama, saya ingin menguji apakah M. fascicularis dapat mengelompokkan manusia dan makaka ke dalam dua kelompok terpisah. Kedua, saya ingin mengetahui apakah monyet mampu membedakan antara individu-individu spesiesnya dengan individu-individu dari spesies lain. Terakhir, saya ingin menguji apakah monyet mampu membedakan antara manusia dan hewan lain non manusia. Hasil penelitian menunjukkan bahwa M. fascicularis mampu memisahkan dan mengelompokan objek-objek ke dalam kategori yang diujikan walaupun saya menyingkirkan informasi visual dari stimulus seperti warna dan bentuk. Kemampuan monyet untuk mengidentifikasi objek berdasarkan sedikitnya informasi fisik mengindikasikan adanya kemampuan dalam membentuk konsep yang lebih abstrak. Selain itu, pada eksperimen ke dua, monyet saya berhasil menemukan ciri-ciri unik dari masing-masing spesies makaka. Saya juga menemukan bahwa monyet berhasil mengelompokkan foto-foto hewan yang berbeda secara fisik ke dalam satu kelompok. Saya menduga bahwa monyet dapat membuat konsep yang lebih abstrak berdasarkan hubungan non-perseptual sebagai dasar untuk mengelompokkan objek ke dalam satu kategori. Saya menyimpulkan bahwa dalam mengkategori hewan, M. fascicularis menggunakan beberapa tingkatan abstraksi.

 

Summary:
Categorization is an ability to group individuals or events into different classes mediated by conceptualized mental image. There are several levels of categorization and within a taxonomy the levels are nested. At the most concrete level of categorization, all or most members of the category shared common physical attributes that differ from other category. The higher the level of category, the fewer common attributes between members of the group. In addition to humans, the ability to categorize has also been proposed in animals. In addition to humans, the ability to categorize has also been proposed for animals. Being able to identify, visually or otherwise, a new object as a member of a category is an advantage for animals. It should help them to distinguish between food or non-food, or to discriminate between species of animals. This species discrimination is important to prevent hybridization among species.

Using matching-to-sample task, present experiments tested the ability of the long-tailed macaque (Macaca fascicularis) in discriminating dichotomousstimuli of different animals. The species has been shown to be able to see photos as representations of real objects so we used facial photos of humans and animals for the stimuli. Using operant conditioning method, I trained monkeys to associate matching to sample stimuli against a distractor stimulus. First, I showed monkeys a sample stimulus as a reference to be matched. To ensure that the subjects paid attention to the sample stimulus, they had to touch it and for this they received reward that they find beneath the stimulus. Next, I presented a matching stimulus and a distractor stimulus side-by-side. The subjects must choose one of them. When the subjects chose the matching stimulus, they received a piece of food as a reward; the response was counted as a correct one. When they chose the distractor, they did not get any rewards. Subject’s motivation for reward warranted the choice of the matching stimulus. The location of matching and distractor stimuli on the tray was arranged pseudorandomly. I blocked every 20 trials into one session and measured their correct rate. If the subject chose the matching stimuli higher than 90% in a session, I interpreted they were able to associate matching to sample stimuli. Logically, this may be inferred as the subject had developed dichotomic concepts of matching against distractor. When they showed this competence, they went to test phase. I expect that monkeys were able to transfer their concept learned in training phase into new stimuli by showing the same performance in both baseline and test trials. In the test phases, I introduced new matching and distractor stimuli and see their response into the stimuli. I did three major experiment. First, I tested their ability to classify human and macaques into separate group. Second, I tested their ability to discriminate their conspecific from other macaques. And the last, I tested whether the subjects able to discriminate non-human animals from human.

In all of these experiments I found that the subjects showed high performance in categorizing objects, even when I discarded details of visual informations, such as color and local features. The ability to identify objects with reduced representation of physical properties means that the subjects are able to generalize attributes of members of the group. This would indicate that the subjects have ability to create a higher level abstraction. On the other hand, in discriminating intragenic macaque species, I found that they were able to extract uniqueness of each species. More over, I also found that the subjects able to put photos of non-primates animals that shared very few similarities in physical properties into one group. Monkeys may able to create a logical concept such as A and non-A. I suggest that the subjects could create abstract concepts free from the physical properties as a basis to put objects into one category. Thus, I conclude that M. fascicularis are able to perform multiple levels of categorizations.

[ Disertasi Lengkap – fulltext ]

 

 

« Previous PageNext Page »